 | Varscanלזהות בקלות SNP עם יישום זה |
| הורד עכשיו | |
Varscan דירוג וסיכום
פרסומת
Varscan תגים
Varscan תיאור
Varscan הוא כלי מבוסס Java כי הוא תוכנן במיוחד כדי להיות פלטפורמה וטכנולוגיה עצמאית השירות לזיהוי SNPs ואינדיס ברצף מקביל מאסיבי של דוגמאות בודדות ומשומשים. נתון נתונים עבור מדגם אחד, Varscan מזהה ומסננים גרסאות גרסו מבוסס על ספירת קרא, איכות הבסיס, ותדירות אלל. נתון נתונים עבור זוג גידול-רגיל, Varscan קובע גם את המצב הסומטי של כל גרסה (Germline, סומטי, או LOH) על ידי השוואת סעיפים לקרוא בין דגימות. תכונות עיקריות: שיחות SNPS ו- Indels מ Samtools פלייפ קבצים מסננים גרסאות על ידי כיסוי, לקרוא עומק, תדירות וריאנט, איכות בסיס קובע מעמד סומטי (סומטי, Germline, Loh) עבור זוגות רגילים לגידול משווה, מתמזגת, ומצלבת שתי רשימות של גרסאות מגביל שיחות Variant לקבוצה של עמדות יעד או אזורי יעד
Varscan תוכנה קשורה
