Sbmlsqueezer. יצירת משוואות קינמטיות עבור רשתות ביוכימיות
הורד עכשיו

Sbmlsqueezer. דירוג וסיכום

Sbmlsqueezer. תגים

גֵנֵרָטוֹר ביוכימי

Sbmlsqueezer. תיאור

SBMLSqueezer מייצר משוואות קינטיות עבור רשתות ביוכימיות על פי ההקשר של כל תגובה. כאשר משתמשים בו כתוסף עבור CellDesigner הוא משתמש במידע מתוך ייצוג SBGN של כל רכיבי הרשת. במצב עצמאי, SBMLSqueezer מעריך את הביאולוגיה ביולוגיה מערכות (SBO) כדי לחלץ מידע זה. חוקי שיעור שניתן לייצר על ידי SBMLSqueezer כוללים מספר סוגים של פעולה המונית הכללית; קינטיקה מפורטת ומכללה, סוגים שונים של משוואות הגבעה, S- ו- H-Systems, ומודלים תוספים להסדרת גנים. הגדרות מוגדרות משתמש מציינות איזו משוואה לבקש כל סוג של תגובה וכיצד להבטיח עקביות יחידה של המודל. משוואות ניתן ליצור באמצעות תפריטים הקשר. כל הפרמטרים שנוצרו לאחרונה מצוידים ביחידה הנגזרת ומוספפים עם תנאי SBO אם זמין ושמות טקסטואליים משמעותיים. MATHML מוכנס ישירות לקובץ SBML. לטקס או טקסט לייצא של משוואות דיפרנציאליות רגילות מסופק. תן sbmlsqueezer לנסות להעריך באופן מלא את היכולות שלה!

Sbmlsqueezer. תוכנה קשורה