CLC Genomics workbench. הורדה חינם , הורדה CLC Genomics workbench. בהורדת תוכנה

מאפשר לך לנתח ולהציג נתוני סידור הדור הבא. Workbench Genomics CLC הפתרון החדש שלנו לניתוח וחיזוי הנתונים רצף הדור הבא. CLC Workbench Genomics משלב טכנולוגיה חדשנית ואלגוריתמים, בעת גם תמיכה ושילוב עם שאר Workbench Genomics workflow.CLC NGS הטיפוסי שלך הוא מהיר מאוד ומאפשר לך לעשות הפנית הרכבה של הגנום בכול גודל - המגבלה היחידה היא הכמות של RAM במחשב הפעלת התוכנה. CLC Workbench Genomics הוא גם מסוגל לתמוך גילוי SNP, דה נובו הרכבה ומספר גדול של ניתוח במורד הזרם. הנה כמה תכונות עיקריות של "Workbench Genomics CLC": · דה נובו הרכבה של סאנגר, 454, הגנום Illumina Analyzer, Helicos, ונתונים מוצקים. · פניית הרכבה של סאנגר, 454, הגנום Illumina Analyzer, Helicos, ונתוני רצף מוצקים. · הפניה הרכבה של מערכי נתונים מעורבים (לדוגמה 454 ו Analyzer הגנום Illumina). · הפניה הרכבה של הגנום בכל גודל. · העצרת לסטנדרטים נתונים לקריאה ותמיכה הרכבה של סוף לזווג קורא / בת זוג זוג קורא מכל טכנולוגיית ריצוף. · כלים גרפיים מתקדמים עבור זיהוי של מוטציות בקנה מידה גדול מחודשים. · יחיד קורא - כיסוי וקונפליקטים. · לזווג קצוות קוראים - סקירה גרפית. · מותאמים-קצוות קוראי - הוספות ומחיקות. · מותאמים-הקצוות קורא - כפילויות תנוחות הפוכות. · תמיכה עבור סידור מולטיפלקס לפי שם הקובץ. · תמיכה עבור סידור זמנית על ידי תג מדגם ספציפי. · מיסוך התייחסות מבוסס הרכבה על הסברים כמו למשל: אקסונים. · אינטגרציה עם פתרונות מחשוב עתיר ביצועים של ביו CLC, מה שהופך מכלולים מאוד מהר. · Interactive וזום-מסוגל הצפייה של מכלולים הגנום, כולל רצף קורא, נתוני איכות, ואת רצפי הפניה. אינטגרציה מלאה של הצופים עם ניתוחים במורד הזרם. · דיווח על איכות וסטטיסטיקות על הנתונים הגולמיים. · אשף זה משמש לטיפול בנתוני רצף מתויגים מקבילים. שימוש דגימות מתויגות יכול להגדיל את תפוקת רצף דראמטי של sequencers הדור הבא . ניתוח של מדגם זה של נתונים מעורבים נעשה על ידי Workbench Genomics. · מתיאס מאייר, אודה סטנזל ומייקל הפרייטר, "סידור מתויג במקביל על 454 הפלטפורמה", פרוטוקולי טבע 3, - 267 - 278 (2008) · אשף זה משמש לטיפול בנתוני רצף מתויגים מקבילים. · סינון זמירה של קורא. · זיהוי SNP מתקדם. · דיווח SNP. · תמיכה עבור אינטגרציה עם מסד ביואינפורמטיקה CLC. דרישות: · 256 MB זיכרון RAM הנדרש. · 2 GB RAM מומלץ. · 1024 x 768 תצוגה מומלצת. · 3D לצפייה דורשת נהג גרפיקת 3D OpenGL (כלול כמעט עם כול גרפיקת כרטיסים). · הרכבת ניתוח הגנום עד 10 מגה-בסיסים: 2 GB זיכרון RAM נדרש; 4 GB RAM מומלץ. · עצרת וניתוח של הגנום גדול: 2 GB זיכרון RAM נדרש; 8 GB RAM מומלץ. · 64 ביט מחשב ומערכת הפעלה מומלצת עבור יותר מ 2 GB RAM. מגבלות: · 30 יום תקופת ניסיון. מה חדש במהדורה זו: · יישור עולמי לאורך זמן קורא בעת הרצת אלגוריתם הרכבת הפניה · יישור צבע-שטח ומרווחות בעת הפעלת הפניה הרכבה · משמעותית ומהירות משופרת של כל הפעולות עם ערכות נתונים גדולות ניתוח RNA-seq: · אופטימיזציה של ביצועים: ריצה של 44 MIO קורא נגד גנום העכבר עכשיו לוקח 32 דקות במחשב שמונה ליבות עם זיכרון RAM 32GB. זה היה אמור להיות יותר משעתיים. עם הגרסה הקודמת, הרבה קבצים זמניים קטנים נוצרו נמחקו, וזה לקח הרבה זמן וגם השפיע על התגובה הכללית של comupter. לשם השוואה, רק חלק קטן של קבצים זמניים שנוצרים עם הגרסה החדשה. · אפשרות חדשה כדי לציין נדרש מינימום חפיפה אקסון של קורא פורש צומת אקסון-אקסון. קרא עוד... · דו"ח חדש RNA-seq אשר נותן סקירה סטטיסטית של תהליך ההרכבה. קרא עוד... · שולחן תוצאה כעת מדווח מספר פורש צומת אקסון-exon- ו אינטרון-אקסון קורא. · שולחן תוצאה כעת מדווח על מיקום כרומוזום של גנים. קרא עוד... · ויזואליזציה של קורא בה צמתי-אקסון אקסון תוחלת. קרא עוד... · קורא מיפוי פחות טוב כדי אינטרון-אקסון וגבולות אקסון-אקסון מזוהים כיום פורש אקסון-אקסון ייחודי קורא. · RPKM מוגדר טוב יותר את המשתמש. קרא עוד... · הגדרת ברירת מחדל עבור להיטים רבים היא עכשיו 10 כמו קריאת Mortazavi נייר ועוד ... · מאוד קצר קורא מורכב עכשיו המאפשרים אי התאמות נוספות. ניתוח ביטוי: · חלקות Volcano: עכשיו אתה יכול לבחור את הערכים העלילו על ציר x. בחר בין "הבדל" ו "שינוי פולד". קרא עוד... · תצוגת טבלה של מופעים חלקים בר באותו במרווחים כפי מוצגים העלילה הברה. · יבואן גנרי עבור נתון מערך ביטוי בפורמט טבלאי. קרא עוד... · יבואן גנרי עבור נתון הערת ניסוי ביטוי בפורמט טבלאי. קרא עוד... · ג'ין אונטולוגיה (GO) קבצים כעת ניתן להשתמש כדי להוסיף הערות ניסוי ביטוי. קרא עוד... · פרופיל תגית: אתה כבר לא מותר דגימות תג ביאורים, ניסויים בלבד · פנל בצד של שולחן ניסוי כבר מחדש מאורגן כדי לספק סקירה טובה יותר. קרא עוד... יבוא תפוקה גבוהה נתוני סידור: · כלי יבוא עברו מארגז הכלים לתפריט קובץ ו סרגל כלים. קרא עוד.. · יבוא ויצוא של פורמט יישור SAM. קרא עוד... · ייבוא של נתונים יישור בפורמט מופרד באמצעות טאבים, כולל פורמט יישור בלאנד. קרא עוד... · ייבוא של פורמט קובץ Illumina QSEQ. קרא עוד... · לינקר ב 454 נתונים מצוי גם עבור מושלם הלא תואם קראו עוד ... ויזואליזציה של contigs משופרת: · נוקלאוטידים מזדהים Un על החלק הפנימי של הסוף לזווג קורא, מוצגים כעת · מותאם-סוף הקורא יש קו אחד שמחבר בין הזוג ולא פערים · ידיות גרור כדי להזיז את הגבול / unaligned המיושר מוצגים רק כאשר אתה יכול לראות את הבסיסים של הקורא. אמצעי זה כי אתה צריך להיות בהגדלת 100% או יותר ורמות קומפקטיות נבחרו "לא קומפקטי" או "נמוך". אחרת הידיות עבור גרירה אינן זמינות (זה נעשה על מנת להפוך את ויזואלית פשוט). קרא עוד.... · אפשר זוגות תצוגת חפיפה כי · ככל מפורק קורא מתוך מכלול עכשיו שומר על הסטטוס זיווג לקצה שלהם (גם זה אומר שאתה יכול לקבל שתי רשימות - האחת עם זוגות ואחד עם שאר זוגות שבורים · טבלת פלט זיהוי SNP מדווחת כעת אם SNPs הלא נרדף מרובה להתקיים באותו קודון · שיח זיהוי SNP: סינון איכותי הוא כבר לא מנוטרלת כאשר ציוני איכות חסרים. בשל בעיות ביצועים לא ניתן לבדוק אם ציון איכות נוכחים. גילוי SNP יהיה פשוט להשמיט את ציון האיכות סינון אם ציוני איכות אינם נוכחים. · SNP זיהוי: ניתן לזהות וריאנטים בתדירות פחות מ 1 אחוז. · דו"ח contig כולל כעת מידע על כיסוי לשני אזורים מכוסים ועיון כולו. קרא עוד... · רצף קונצנזוס פתיחה לרבות פערים גם יכניסו Ns לפני תחילת רצף קונצנזוס ואחרי זה נגמר · פונקציונאלי לקצץ כולל כעת את האפשרות לקצץ משם מספר מוגדר מראש של נוקלאוטידים מכל קצות לקריאה. קרא עוד... · שיבוט Gateway. תמיכה פשוט וקלה לשימוש ליצירת שיבוטי כניסת ביטוי Gateway. קרא עוד... · חיפוש התאמות מבין כל פריימרים ששמרת. הממצא אתרי הקישור כלי שופרה מאוד עכשיו מאפשרים לך לחפש בין כל פריימרים שלך. בנוסף, אתה גם מקבל פלט טבלאי של אתרי הקישור ושברי אפשרי. קרא עוד... · בשנת סיליקון PCR: ליצור מוצר PCR מבוסס על זוג פריימר ואת רצף תבנית (כולל הרחבות פריימר). במסגרת מצא משופרת כריכת אתרי יצירת כלי שבר, אתה יכול לחלץ את מוצר PCR מרשימת שהברים דרך לתפריט הקליק ממני. קרא עוד... · בדוק סגולי פריימר. במסגרת מצא משופרת כריכת אתרי יצירת כלי שבר, אתה יכול לחפש עם זוג פריימר ברשימת רצפי יעד פוטנציאליים ותראה שולחן סקירה של אתרי קישור ואת חוסר התאמה וכן שברי PCR פוטנציאליים. קרא עוד... פְּרִיסָה: · ניתן להגדיר נתיב למיקום נתוני ברירת המחדל בשימוש כאשר Workbench מתחיל בפעם הראשונה. זוהי תכונה לשליטה מנהלי המערכת לעזרה היכן מתקנים חדשים לכל מחדל שמירת הנתונים שלהם. קרא עוד... · תמיכה עבור הסרת כלים לגישה לאינטרנט (תפציץ צמח השדה, הודעות עדכון וכו '). קרא עוד... יבוא ויצוא כללי: · תמיכה עבור ייבוא של אזורים מורכבים מקבצי GFF · טבלאות ודוחות ייצוא בפורמט אקסל. · ידנית קטע ההשתמש ייבוא מחדש מובנה כדי לספק טוב יותר סקירה קראתי עוד .... יבואני נתוני ביטוי עכשיו מתוארי פרטים טכניים בסעיף נפרד קראו עוד .... · עכשיו אתה יכול לייצא רשימות רצף מרובות בפורמט fasta · כפוי יבוא קבצי zip נתמך כעת (זה יאלץ לייבא את התוכן של קובץ zip) · יבואו התקן עכשיו מקבל קבצי gzip וזפת וכן zip · אם ייבוא כפוי נכשל, יהיו מידע טכני יותר על מה השתבש, ומאפשר לך לזהות עיצוב רע של קבצי הייבוא · גם Genbank ו GFF יבואן עכשיו עושה כמה ניסיונות למתן שמות גנים שאין להם שם גנים. זה יהיה iteratively לנסות את האיכות הבאות: "מוצר", "locus_tag", "protein_id" ו "transcript_id" · בעת ייבוא קבצי Genbank שבו אורך כאמור אינו תואם את רצף בפועל, מוצג אזהרה אבל הרצף מתקבל. · בעת ייצוא בפורמט CSV, נעשה שימוש בהגדרות האזור כדי לקבוע אם יש להשתמש בפסיקים או בקולון למחצה. · GFF Plug-in עודכנה כדי לקבל הערות מורכבות שונות: · מתקדם retyping של הערות באמצעות שולחן ההערה. קרא עוד... · שיפור דיווח על מצבים כאשר דיסק מלא מונע חיסכון של נתונים · הורדת רצפים באמצעות גרור ושחרר מהטבלת החיפוש כבר לא יוצר עוד "הורדה ..." בתיקייה. תהליך ההורדה ניתן לפקח בכרטיסייה תהליכים. · עיצוב פריימר עכשיו תומך שברי PCR יותר מ 5000 BP. · לחלץ רצפים עברו מקובץ Manu ל Toolbox-> ניתוח רצף כללי. קרא עוד... · משוב טוב יותר על דיאלוגים שונים תיקוני באגים: · בעיה עם סדר גנים בעת הגדרת ניסויים RNA-Seq. אם סדר רצפי הקלט לא היה זהה עבור כל הדגימות, הניסוי יהיה לא נכון. · כיוון לא נכון של נתונים מוצקים זוג · בעיה קבועה עם שמות של כרטיסיות. התיקון פירושו כי ב - Windows ו- Linux נתונים לא נשמעים מקבלים עכשיו * במקום להפוך את שם הכרטיסייה מודגש נטוי. (זה תמיד היה ההתנהגות ב- Mac OS X). · בעיה קבועה המציגה את התווית "העתקה ..." בעת העתקת נתונים ולאחר מכן עדכון התיקיה · תווית מטעה כאשר הרכבה קוראת קצר מ -15 BP. עכשיו זה אומר כי אלה קורא יהיה להתעלם באסיפה

CLC Genomics workbench. תוכנה קשורה