חַיָה הורדה חינם , הורדה חַיָה בהורדת תוכנה

Cross-Platform App עבור Bayesian MCMC ניתוח של רצפים מולקולריים חיה (Bayesian ניתוח אבולוציוני עצים) הוא יישום קוד פתוח ופתוח עבור מסקנות אבולוציונית של רצפים מולקולריים החיה היא מכוונת לחלוטין כלפי מושרשת, זמן נמדד זמן להסיק באמצעות מודלים שעון מולקולרי קפדני או רגוע .Beast יכול לשמש שיטה של שחזור phylogenies אבל היא גם מסגרת לבדיקת ההיפותזות האבולוציונית ללא התניה על טופולוגיה עץ יחיד. החיה משתמשת ב- MCMC לממוצע על שטח העץ, כך שכל עץ משוקלל יחסי ההסתברות האחורית שלו. הנה כמה תכונות עיקריות של "חיה": · דגמי שעון מולקולריים קבועים. · זהו מודל ברירת המחדל. העץ יכול להיות מכויל על ידי ציון שיעור מוטציה. · שיעור משתנה (רגוע) מודלים מולקולריים. · מיישמת את מודלים השעון הרגועים של Drummond, HO, פיליפס ורמבא (2006, ביולוגיה Plos) ראה להלן לציטוט מלא. · אומדני תאריך ההסתנות. · תאריכים של סטייה עבור אבות רגילים ספציפיים (MRCA) ניתן להעריך. · רצפים לא-זמנים (! TipDate) מודלים מולקולריים שעון. כאשר ההבדלים בתאריכים הקשורים לרצפים מהווים חלק ניכר מהעץ כולו, ניתן לשלב את התאריכים הללו למודל המספקת מקור מידע על קצב החלופה. · מודל החלפה הטרוגניות בכל האתרים. · מודלים חלופיים שונים ניתן לציין עבור קבוצות שונות של אתרים. לדוגמה, כל מיקום קודון יכול להיות מותר מטריקס תחליף שונים מודל גמא של הטרוגניות שיעור. · מפרט מודל גמיש. · פורמט קובץ המודל מאפשר גמישות ניכרת. לדוגמה, ניתן לציין כי כל מיקום קודון יש שיעור אחר, מידה שונה של הטרוגניות שיעור אבל אותו יחס המעבר / טרנסבוריה. · טווח של מודלים החלפה. · חיה (ביאסיאן ניתוח אבולוציוני עצים) הוא יישום קוד פתוח ופתוח עבור מסקנות אבולוציונית מרצפים מולקולריים. · בחירה גמישה של פרמטרים. · כל פרמטר ניתן לקבל לפני. לדוגמה, עידן השורש של העץ ניתן לתת מעריכי לפני ממוצע מסוים. · מודלים קשובים של גודל האוכלוסייה וצמיחה. · מודלים שונים של גידול האוכלוסייה coalecent ניתן להשתמש. כיום, גודל קבוע וגידול מעריכי זמינים אך יותר יתווספו בקרוב. דגמים אלה בעצם פועלים כמו גראס על הגילאים של צמתים בעץ אבל הפרמטרים (גודל האוכלוסייה ושיעור הצמיחה) ניתן לדגימה ולהעריך. · מודלים שסוגרת רב-לוקוס. · שני גנים לא צמודים ניתן לתת את דגם האוכלוסייה הקשורה, אבל תהליך החלפה שונה ועץ, ומאפשר לייצור של מסקנת שסוגרת רב-לוקוס. · דגמי שעון מולקולריים מקומיים. · המאפשר לחיגלים שונים בעץ יש שיעורי שונים (או אכן, תהליכי החלפה שונים לחלוטין). מה חדש במהדורה זו: תכונות חדשות: · גירסאות של החיה הצגת תיבת דו-שיח כדי להגדיר אפשרויות שונות זמינות רק על ידי שורת פקודה. תיקוני באגים: · בעיה 55: יומן מסך MCMC אינו פועל כרגע. · גיליון 70: יופי ומחיצות לתוך עמדות קודון · בעיה 72: Beauti צריך קשה להגביל פרמטרים GTR · בעיה 122: Ctrl-A ב Beauti -> חריגה · גיליון 127: בלוח מוקדם של הוותיק, הקודם והתחתון אינו מופיע · אינסוף · בעיה 128: Beauti: צמיחה לוגיסטית קודמת אינה זמינה עבור · כיול · בעיה 146: Beauti: מודל בינארי Covarion · בעיה 169: עריכת שם הקובץ גזע ביוט גורם להכנסה · הצבע על הקפיצה עד הסוף · בעיה 173: Beauti: חריגה חלקית · בעיה 181: Beauti: זקוק לשיפור להתנהגות ברירת המחדל בעת הוספת · יישור נוסף לאחר unlinking כל · בעיה 193: משופרת התכנסות אבחון: לחשב גודל יעיל של · ריצות משולבות על ידי שרשור הדגימות · גיליון 194: Beauti: הגדרה מראש חריגה בעת שינוי ערך · בעיה 199: Tracer מראה רק ראש הראשון כניסה קובץ כאשר מכפילים · רשומות יש אותו שם · בעיה 201: עריכת שם קובץ גזע בחלונית MCMC גורם נקודת ההכנסה · לקפוץ עד הסוף · בעיה 202: לבנות סקריפטים לייצר JDK 1.6 כיתות כל כך הפצה נכשל · על מכונות עם JDK 1.5 · גיליון 203: באג Launch4j המשפיעים על הקישור של NucleotideLikelihoodCore.dll · גיליון 204: יפה: גודל קבוע מראש עץ הוא לא עובד עבור כיול צומת · גיליון 205: מידע Tittle נעלם במסוף באמצעות חלונות · חניקה לרוץ BEAST · גיליון 209: מנת הפתוגן לא לקמפל · גיליון 211: יפה: XML מודל אתר חומצת אמינו לא בסדר · גיליון 212: גרסת לינוקס BEAST: הצורך chmod 755 * · גיליון 215: ברירת הקצאות זיכרון עבור אריזת Mac קטנות מדי · גיליון 216: ברירת הקצאות זיכרון עבור אריזת לינוקס קטנות מדי · גיליון 217: בעיות עם האריזה Mac OS X · גיליון 218: אפשרויות BeastMain הדו-שיח נותן שגיאה "ערך כניסה בלתי חוקית · חייב להיות בין 1 ו 21474863647" · גיליון 220: הסקריפטים פגז להשיק החיה שורת הפקודה לא יכול להתמודד · עם רווחים בנתיב. · גיליון 221: Reweight המפעיל מודל החלפה יפה · גיליון 222: מתן שמות של "treeLikelihood" כאשר רק 1 מחיצה · גיליון 223: הגדר את שם הקובץ "ניתוח מפעיל" כתכונה ב · אלמנט המרק"ם · גיליון 225: TreePartitionCoalescent אינו קיים · גיליון 226: The המנתחים ב release_parsers.properties צורך בעדכון · גיליון 227: תקן BeastDoc ליצור doc תג למשתמשים BEAST · גיליון 229: כישלון נוסף של מסגרת בדיקות · גיליון 231: לעכב את תחילת מדידת הביצועים עד לאחר · ערכה מלאה · גיליון 232: Mac (? Windows) גרסה של BEAST נסגר המסוף על שגיאה · גיליון 234: הפוך החשש "האחורי הראשוני הוא אפס" שגיאה קצת · יותר ידידותי באגים · גיליון 236: dr.evomodel.operators.TraitGibbsOperator משוכפל עם · מנתחים באחת release_parser.properties או BeastParser.java · גיליון 237: יפה: סט taxon לא טיפול מחיצה רב-עץ · גיליון 238: מתן שמות של "דפוסים" כאשר רק 1 מחיצה · גיליון 240: יפות: useAmbiguities של treeLikelihood צריכה להיות ברירת המחדל · כאמת עבור Covarion binay · גיליון 242: יפה: ליצור תיבת סימון כדי לבחור useAmbiguities ב · TreeLikelihood עבור נתונים בינאריים · גיליון 244: דחוף: סקירה מוקדמת ברירה · גיליון 247: יפה: XML טועה ב frequecies בחירת בינארי אמפירי · מודל COVARION · גיליון 248: חריג יפה (* BEAST) כאשר מקשרים אותו כמה מינים עבור · מודל עץ על ידי מינים שונים שניתנו בסך הכל · גיליון 250: יפה: בלוקי יישור שגויים עבור-גן רב בבחירה · "ליצור יישור ריק" · גיליון 253: יפות להוסיף תיבת מוקפץ לבדוק את הרשעות קודמות מחדל כאשר · לחץ על 'יצירת קובץ BEAST · גיליון 254: יפות ליצור כפתור ה- XML צריך להיות השבת אחרי כל הנתונים · הסירה מחיצה · גיליון 255: כיבוי אזהרות מנתח כברירת מחדל עבור גרסה שוחררה · גיליון 256: יפה: הוספת תגובה ב- XML "skyride.logPopSize היא יחידת יומן · בניגוד popSize האחר" · גיליון 257: יפה: נתונים בינאריים ומחיצות מרובות איננו יוצרים · ככל siteModel כראוי · גיליון 259: היפה: בעיה בלוח Mac OS המרק"ם · גיליון 260: יפה: אנגלית הנכונה · 261 הבעיה: רכיב שגיאה בניתוח עם null id · גיליון 262: XML שגוי של testCataclysmCoalescent.xml · גיליון 264: ImportException: שגיאת תבנית מספר עבור

חַיָה תוכנה קשורה