מערכות ביולוגיה שולחן העבודה מערכות ביולוגיה Workbench (SBW) היא מסגרת פשוטה עבור Intercommunications היישום.
הורד עכשיו

מערכות ביולוגיה שולחן העבודה דירוג וסיכום

מערכות ביולוגיה שולחן העבודה תגים

יישום ביולוגיה ביולוגיה שולחן העבודה במסגרת ביו-אינפורמטיקה intercommunications

מערכות ביולוגיה שולחן העבודה תיאור

מערכות Biology Workbench (SBW) היא מסגרת פשוטה עבור Intercommunications היישום. מערכות Biology Workbench (SBW) היא מסגרת פשוטה עבור Intercommunications היישום. הפרויקט משתמש בארכיטקטורה המבוססת על מתווך, מבוזרת, מסובכת, תומך בשפות רבות, כולל ג 'אווה, C, Perl ו- Python, ורץ תחת לינוקס, OSX ו- Win32.What הוא sbwresearchers ביולוגיה מערכות כמותיות לעשות שימוש במספר רב של חבילות תוכנה שונות עבור דוגמנות, ניתוח, ויזואליזציה, נתונים כללי מניפולציה. מערכות הביולוגיה של מערכות (SBW), היא מסגרת תוכנה המאפשרת רכיבי יישומים הטרוגניים - כתובים בשפות תכנות מגוונות והפעלת על פלטפורמות שונות - כדי לתקשר ולהשתמש בכל יכולות של הודעות בינאריות. המטרה שלנו היתה ליצור פשוט, ביצועים גבוהים, תשתית תוכנה קוד פתוח אשר קל ליישם ולהבין. SBW מאפשר ליישומים (פוטנציאל פועל על מחשבים נפרדים, מבוזרים) כדי לתקשר באמצעות פרוטוקול רשת פשוטה. הממשקים למערכת הם encapsulated בספריות בצד הלקוח שאנו מספקים עבור שפות תכנות שונות.אט הספירה האחרונה, היו מעל 75 חבילות שונות עבור הדמיה רשתות סלולריות (ראה www.sbml.org). התפשטות זו של כלים הביאה למגוון יכולות וממשקים. אמנם קבלת פנים במובנים רבים, התפשטות זו הביאה לשני תופעות לוואי לא רצויות: 1. כל כלי משתמש בפורמט משלה, לעתים קרובות מתועד, לאחסון דגמים. התוצאה היא כי מודל שנשמר בכלי אחד לא ניתן לטעון לתוך אחר. זה כמובן מעכב חילופי חינם של מודלים מכלי אחד למשנהו. הבעיה השנייה היא כי רבים מכלים כפולים זה לזה יכולות. כתיבת כלי סימולציה לוקח זמן, ורבים של פרויקטים הם קצרים, כלומר המחברים אינם מסוגלים לפתח את הכלים רחוק מאוד. כתוצאה מכך, רבים מהכלים מספקים פונקציונליות דומה. שלא כמו קהילות אחרות לפיתוח תוכנה, יש מסורת קטנה של שימוש חוזר בקהילה ביולוגיה המערכת. כתוצאה מכך, הקהילה ראתה מאמץ כפולים הרבה. מחלף את הבעיה הראשונה, זה של מודל חילופי, כבר התייחס על ידי הצגת פורמט סטנדרטי עבור כל הסופרים הכלי להעסיק. תקן זה נקרא מערכות ביולוגיה Markup שפה (SBML) יחד עם Cellml (www.cellml.org), המבוא של פורמט סטנדרטי מתחיל לעשות השפעה משמעותית על סופרים כלים, ואת רוב הכלים הנפוצים ביותר מעסיקים כיום להעסיק כיום SBML כאמצעי להחליף models.CODE שימוש חוזר בגיליון השני קשה יותר לכתובת, וכך לעודד שימוש חוזר בקהילה בקהילה. הניסיון שלנו לפתור את זה כבר לפתח מסגרת תוכנה הנקראת מערכת הביולוגיה של המערכת. שולחן העבודה מאפשר לכלים שונים לחשוף פונקציונליות פרוגרמטית לכלים אחרים. משמעות הדבר היא כי מפתח יכול עכשיו לבנות על עבודה קודמת מבלי להבין בפירוט את פעולות פנימיות מורכבות לעתים קרובות של כלים אחרים. כל היזם צריך לדעת הוא ממשק כי הכלי חושף. לפיכך, כלי מסוים עשוי לחשוף ממשק סימולציה תלויים בזמן של כלי סימולציה, מפתח כלי נוסף - במקום להמציא כלי סימולציה נוסף - יכול לנצל את היכולת לפתח כלי חדש שיכול לבצע פונקציות נוספות. עומס העבודה של היזם השני מופחת במידה ניכרת, והם יכולים במקום להתרכז בפונקציונליות הרומן. עבודה זו נתמכת כרגע באמצעות תמיכה נדיבה של Darpa ואת DOE.

מערכות ביולוגיה שולחן העבודה תוכנה קשורה