פילונט

לנתח את היחסים האבולוציוניים עם יישום זה.
הורד עכשיו

פילונט דירוג וסיכום

פרסומת

  • Rating:
  • רישיון:
  • GPL
  • שם המפרסם:
  • Department of Computer Science Rice University
  • מערכות הפעלה:
  • Windows All
  • גודל הקובץ:
  • 1.4 MB

פילונט תגים


פילונט תיאור

Phylonet הוא שימושי, קל לשימוש בכלי שתוכנן במיוחד כדי להציע למשתמשים חבילת כלים לשחזור וניתוח יחסים אבולוציוניים (לא treelike). בפרט, חבילת התוכנה כוללת תכונות להסיק להעברת גנים אופקית של זוג מינים / עצי גנים, ואיתור נקודות רקומבינציה interspecific ברצף יישור. יתר על כן, יש לו את היכולות לקריאה / אחסון רשתות פילוגנטיות, ולהשוות טופולוגיות רשתות phylogenetic. כמו האלגוריתמים עבור שחזור רשת phylogenetic והערכה לעשות שימוש בטכניקות אלגוריתמיות מן התחום של עצים phylogenetic, החבילה מכילה גם כמה תכונות מוכווני עץ, כגון מודולים לחישוב הסכם ההסכם המקסימלי, אמצעי מרחק רובינסון Foulds, וכו '. תכונות עיקריות: MAST - הסכם מקסימלי Subtree RF - רובינסון-Foulds / הפרש סימטרי למדוד עץ RITAHGT - Hauristic לזיהוי אירועים HGT מ זוג מינים / עצי גנים LCA - אב קדמון נפוץ לפחות של קבוצה של צמתים בעץ RECOMP - שיטה מבוססת חלון לאיתור breakpoints רקומבינציה interspecific Charnet - כלי לחישוב אשכולות, עצים ומשלוחים ברשת CMPNets - כלי לחישוב המרחק בין שתי רשתות Netpars - כלי לבקיעת חוויית רשתות phylogenetic Compountcaal - כלי להיחשף כל תרחישי CLALECEST תקף של גן בתוך הענפים של עץ מין GENCPLEX - כלי לייצור ניסוח MILP שניתן לפתור על ידי Cbex עבור עצים מינים קבוצה של עצי גנים GENST - כלי לייצור Topoloties עץ מינים מבוסס על קבוצות מקסימליות של אשכולות תואמים. Compute_st (כלי זה הוא סקריפט Perl) - לשחזר את עץ המינים מעצי גנים תחת Cularess. Inser_st - להסיק את עץ המינים מעצי גנים. שיטות הכלולות כוללות MDC, MDC עם זמן, זכוכית, הקונצנזוס הרוב המורחב והצבעה דמוקרטית. Deep_coal__Count - לספירת מספר השושלים הנוספים שנתרמו על ידי קבוצה של עצי גנים ומינים עצים SIM_GTINNETWORKWORK - לקבלת הדמיית עצי גנים תחת מודל הרשת הפילוגנטי ב- Yu et al. נייר Biol 2010


פילונט תוכנה קשורה

Metapiga

ההערכה המקסימלית של סבירות גדולה. ...

193 18.4 MB

הורד