Ideogrambrowser

כלי ג 'אווה להדמיה של סטייה גנומית באמצעות מערכים SNP Affytrix
הורד עכשיו

Ideogrambrowser דירוג וסיכום

פרסומת

  • Rating:
  • שם המפרסם:
  • Hans A. Kestler & Andr Mller
  • אתר האינטרנט של המוציא לאור:
  • מערכות הפעלה:
  • Windows All
  • גודל הקובץ:
  • 18.8 MB

Ideogrambrowser תגים


Ideogrambrowser תיאור

iDeogravesbrowser ניתן להשתמש כדי להשוות בקלות קבוצה של קבצי פלט מן Affymetrix ChromoSome להעתיק מספר ניתוח כלי. אובדן הטרוזוגיות (LOH) או אובדן / רווחים הם זממו נגד אזור הכרומוזומלי המתאים שלהם בייצוג קרייטיפי יחד עם גנים. מאפיינים: * מתכננים של סמני SNP בקירוגראם (תמיד חדש שנוצר מטבלה IDEogram של NCBI Mapview לבנות 36.2 מסד נתונים). עיין בנספח א 'לשינוי מסד הנתונים של ברירת המחדל. * SNP מערך בגדלים של 10k, 50k, 100k, ו 500k ניתן לייבא מן עותק מספר Affymetrix מספר ניתוח (CNAT 3 ו- CNAT 4) ישירות בפורמט קובץ CNT (גרסה 1.0 ו 1.1). * ניתן לייבא את הכרטיסייה כללי פורמט טקסט תוחם לייבוא נתונים זרים (למשל. שנוצר על ידי יישום גיליון אלקטרוני כגון Microsoft Excel). אז התוכנה אינה מוגבלת למערכי SNP Affymetrix ו- Affymetrix Copy מספר ניתוח כלי (CNAT 3 ו 4). ניתוח SNP ניתן לשלב את E.G. עם נתונים מערך CGH. פורמט CNAT החדש 4 מחלק את סמני LOH בקובץ השני. אם לקבצים יש את אותו קידומת קבצי LOH עומסים באופן אוטומטי בעת פתיחת מספר העתקה (CN). * מתכננים של סמני גנים מעותק מקומי של מסד הנתונים של NCBI Mapview (לבנות 36.2) * עיבוד אצווה / ייבוא קבצים מרובים. מיזוג של קבצים מפוצלים. * סף של Log2ratios, LOH (אובדן הטרוזוגיות), ספא (מספר ניתוח נקודה יחידה), ו GSA (גנום מחליק מספר העתק) ערכים עבור הדור סמן (האחרון זמין רק עבור צ 'יפס עם יותר מ 10k SNPs). * הפחתת רעש באמצעות פונקציונליות סינון * ייצוג אזור קוננסוס. * קישורים http://www.genecards.org * ייצוא ל- JPG, SVG, ו PDF פורמט. * פונקציונליות הדפסה (ההדפסה לא עשויה לעבוד תחת לינוקס בשילוב עם כוסות - זוהי בעיה Java 1.5 / כוסות: לייצא את הדיאגרמות כמו PDF ולהדפיס E.G. עם Acrobat Reader) * וכו.


Ideogrambrowser תוכנה קשורה

עלינו