Sbmltoolbox. השתמש בדגמי SBML ב Matlab
הורד עכשיו

Sbmltoolbox. דירוג וסיכום

Sbmltoolbox. תגים

לקרוא לִכתוֹב לְאַמֵת קרא דגם SBML. כתוב דגם SBML. לאמת מודל sbml

Sbmltoolbox. תיאור

השתמש בדגמי SBML ב Matlab SBMLToolbox בנוי על גבי LibsBML ומספק קוד המקור חינם ופתח של פונקציות בסיסיות המאפשרות מודלים SBML לשימוש Matlab. SBMLToolbox מספק פונקציות לקריאה, כתיבה, ואימות מודלים SBML; צפייה במבני מודל בשמי פשוט; המרת מודלים לצורה סימבולית המתאימה לשימוש עם ארגז הכלים סימבוליים של Matlab; ו לדמות מודלים באמצעות משוואה דיפרנציאלי רגיל של Matlab Solvers.SBMLToolbox עובד על ידי תרגום מודלים SBML / מתוך מבנה Matlab בשם Matlab_SBML. הוא מספק מתקנים למניפולציה של זה ואת תברובות שלה בתוך matlab, כמו גם פונקציות לחיסכון וטעינת matlab_sbml מבנים ל / מ matlab נתונים קבצים.הארגז הכלים לא נועד להיות מערכות שלמה ביולוגיה כלים עבור matlab, אלא פלטפורמה להקל מקבל מקבל SBML פנימה והחוצה של matlab ומשמש נקודת התחלה שממנו משתמשים יכולים לפתח פונקציונליות משלהם. הערה: SBMLToolbox מורשה ומופץ על פי תנאי ספריית גנו או רישיון ציבורי כללי פחות (LGPL). דרישות: · MATLAB מה חדש במהדורה זו: הוסיף את הפונקציה GetStoichiometrysParse תרומה על ידי ארסן Batagov. זה מחזיר את מטריקס stoichiometry כמו מטריצה דלילה והוא הרבה יותר מהר עבור דגמים גדולים יותר. · פונקציית התרגום, יש טיעון אופציונלי שני המציין אם המודל יאושף לפני היבוא. ערך ברירת המחדל הוא 0; המציין לא אימות. במקרה של שום ויכוח לתפקוד; אשר פותח חלון דפדוף כדי לאתר את הקובץ לייבוא; המשתמש מתבקש לציין אם יש לעשות אימות. במקרה של שגיאות אימות אלה מוצגים למשתמש, אשר יתבקש אם לייבא את המודל ללא קשר. · הסיר את הפונקציה readandvalidate כפי שזה היה בעצם גרסה של מתרגמותבן שבוצעו אימות. · תמיכה נוספת עבור רמת SBML 2 גרסה 2 ורמה 2 גרסה 3. תמיכה זו אינה מתפשטת ל- GUI שניתן להשתמש בה כדי להציג רכיבים בודדים של מודל. · באג קבוע בקביעתו

Sbmltoolbox. תוכנה קשורה