Molegro וירטואלי docker הורדה חינם , הורדה Molegro וירטואלי docker בהורדת תוכנה

פלטפורמה משולבת לניבוי חלבון - אינטראקציות ליגנד Molegro Virtual Docker הוא פלטפורמה משולבת לניבוי חלבון - ליגנד אינטראקציות. Molegro וירטואלי Docker מטפל בכל ההיבטים של תהליך עגינה מהכנת המולקולות כדי לקבוע את האתרים המחייבים הפוטנציאליים של חלבון היעד, ואת התחזית של מצבי המחייב של ליגנד. טכניקת אופטימיזציה חדשה בשילוב עם חוויית ממשק המשתמש התמקדות בפרודוקטיביות ובשימושיות. Molegro Virtual Docker (MVD) הוכחה תשואה דיוק עגינה גבוהה יותר ממוצרי עגינה אחרים (MVD: 87%, גלישה: 82%, Surflex: 75%, Flexx: 58%). הערה: כדי להוריד את היישום, אתה צריך לבקש ניסיון ללא תשלום ולשמור את מפתח הרישיון המשפט. הנה כמה תכונות עיקריות של "molegro וירטואלי docker": מולקולה ייבוא והכנה: · קל לייבא ולהכין מולקולות. · קבצי מבנה מולקולרי מנותחים למרכיבים רלוונטיים (ligands, cofactors, מולקולות מים וחלבונים) והוא יכול להיות מוכן באופן אוטומטי. · ניתוח אזהרות שגיאות מוצגים בהיררכיה נוחה. · גלאי חלל מובנה מזהה מיקומים מחייבים מבטיחים, מה שמאפשר להגביל את שטח החיפוש לאזורים המעניינים ביותר. · אשף פריזציה מאפשר לך לזהות במהירות מטרות פריצות פוטנציאליות (למשל שאריות היסטודין) ולשנות את מדינת ההזמנות שלהם במהירות באמצעות תפריט ההקשר. עגינה: תהליך העגינה מנוהל באמצעות אשף העגינה. האשף מאפשר לך: · לבחור אילו מבנים לכלול סימולציה. · בחר את האזור הכריכה הפוטנציאלי (MVD יציג באופן אוטומטי בכיסים מחייבים פוטנציאליים). · להגדיר מאפייני אלגוריתם חיפוש והגדרת אשכולות ונתונים. · ניהול אילוצים נוספים. · בדוק אזהרות על ההכנות הלא סבירה ומידע מבני חסר (למשל שאריות לא ידועות). אָנָלִיזָה: · מארגן ההצגה מאפשר לך לגלוש בתנוחות המוחזרות על ידי מנוע עגינה. זה מסוגל לטעון תנוחות מעוגל לרוץ באופן דינמי, מה שמאפשר לגלוש אלפי ליגנד. · אפשר לבדוק את תנאי האנרגיה והאינטראקציות השונות, וגם אפשר לחשב את אמצעי הזיקה המתקדמים יותר ומחברים. מימן אג"ח אינטראקציות אלקטרוסטטית מתעדכנים באופן דינמי בעת מעבר בין תנוחות. רצף והדמיה מבנה: · הצופה רצף מאפשר לך לזהות במהירות ולבחור שאריות בחלבון. · הדמיה הקריקטורה מדגישה את האזורים השונים של המבנה המשני. אילוצים: · אילוצים שונים מאפשרים לשנות את נוף האנרגיה (למשל על ידי מתגמל אזורים מסוימים של שטח החיפוש) או לכפות או למנוע אינטראקציות מסוימות מתרחשות. · אילוצים יכולים להיות מוגדרים על בסיס תכונות כימיות (E.G. מימן בונד accessors או אטומי טבעת) או אטומים בודדים ניתן לציין עבור כל ליגנד. מנתח נתונים: · מנתח הנתונים ב- MVD יכול ליצור דגמי רגרסיה (או רשתות עצביות או רגרסיה ליניארית מרובה), לחלץ אמצעים סטטיסטיים, לדמיין נתונים. · לחזות תכונות נומריות של תרכובות מעוגלות מ Rads עגינה MVD. מודלים שנוצרו למשתמש ניתן ליישם ישירות בארגון ההצגה. · יצירת מודלים רגרסיה באמצעות תיאורים מספריים מיובאים (למשל מתוכנה של צד שלישי). · בחירת תכונות למציאת התיאורים הרלוונטיים. · נתוני אלגברי טרנספורמציה תוסף עבור מניפולציה מתארים או יצירת מתארים נגזרים. · 1D מגרשים (היסטוגרמות), מגרשים 2d (x-y מגרשים), מגרשים 3D. · אמצעים סטטיסטיים שונים. גמישות sidechain: · ב MVD, גמישות sidechain מיושמת על ידי ריכוך הפוטנציאל במהלך העגינה (על ידי הגדלת הסובלנות של PLP-PolicioS או על ידי היחלשות אינטראקציות נבחרות של Sidechains), עגינה קבוצה מגוונת של תנוחות, ולבסוף אופטימיזציה של תצורות sidechain. ניתן גם לצמצם באופן ידני מבנה קולטן. · לאחר סימולציה עגינה הושלמה, התנוחות שנמצאו ניתן לבדוק בו זמנית עם התאמת קולטן תואם שלהם ישירות מארגן ההצגה. עגינה תבנית: MVD מאפשר לרגל ליגנד נגד תבניות עגינה. בדומה לפרמקופורים, תבניות לבנות מאפיינים כימיים רלוונטיים (כמו תשלום מימן מליטה יכולות) והוא יכול להיות נוצר אוטומטי אחד או יותר הקונפורמציות ליגנד. תבניות ניתן להשתמש במספר דרכים: · כדי ליישר גמישות מספר ליגנד (ולקבוע ציון עבור הדמיון שלהם). · להתמקד או להנחות את הסימולציה עגינה על ידי שילוב של ציון דמיון תבנית עם פונקציה מבוססת קולטן מבוסס. · כדי לחלץ ציון דמיון גרגירי מכל נקודת תבנית וליצור מודל רגרסיה באמצעות מנתח נתונים (3D QSAR). תכונות אחרות: · פועל ב- Mac (PowerPC ו- Intel), Linux (32 סיביות ו- 64 סיביות) ומכונות Windows. · מערכת מאקרו ניתנת להרחבה, להתאמה אישית עם עורך מובנה. · משטחים מולקולריים להתאמה אישית וייצוג עמוד השדרה. · גנרטור ביומולקולה עבור קבצי PDB המכילים מידע טרנספורמציה סימטריה. · תיוג טקסט מתקדם עבור נכסים מולקולריים שונים. · עזרה מקוונת ובדיקות אוטומטיות עבור עדכונים. · MVD יכול להיות scripted באמצעות שפת scripting עצמו או על ידי שפות scripting חיצוני (עטיפה python כלולה). · שינוי פנימי עבור תנוחות שינוי ידני. מגבלות: · 30 יום תקופת ניסיון. מה חדש במהדורה זו: · יישום של הפונקציה של הצמחים הבקיע, הזמינה הן ברשת והן בגרסה שאינה גרידה. · אלגוריתם חיפוש עגינה חדש, אסטרטגיית הדגימה האופציונלית של הדגימה המבוססת על אלגוריתם אופטימיזציה של המושבה. · Molegro רשת וירטואלית. תשתית חדשה להפיץ ריצות עגינה. · חדש מובנה raytracer מאפשר ליצור גרפיקה איכות פרסום. · שיפורים של ממשק משתמש קלים ותיקוני באגים (ראה הערות שחרור לפרטים).

Molegro וירטואלי docker תוכנה קשורה