Macclade MacClade - תוכנה המיועדת לניתוח phylogenetic.
הורד עכשיו

Macclade דירוג וסיכום

Macclade תגים

אָנָלִיזָה תרשים צור דיאגרמה פילוגנטי ניתוח פילוגנטי דיאגרמת עץ

Macclade תיאור

MacClade - תוכנה המיועדת לניתוח phylogenetic. Macclade היא תוכנית מחשב עבור ניתוח phylogenetic נכתב על ידי דוד Maddison ו Wayne Maddison. כוחה האנליטי הוא במחקרים של אופי אופי. כולל מצבי תצוגה חדשים רבים וכלים עריכה. חלקם הם כלליים, אבל הרוב נועדו לשימוש בנתוני רצף מולקולריים. כאן נזכיר של מעטים אלה .DISplay של נתונים · יש אפשרויות רבות עבור איך הנתונים ניתן להציג. הנה שתי דוגמאות. אתה יכול לבקש Macclade כדי צבע תאים נתונים, כך דפוסי של וריאציה המדינה ניכרים יותר. · עם חלבון קידוד נוקליאוטיד נתונים, אתה יכול לשאול Macclade כדי להציג את חומצות אמינו תרגום. תרגום זה הוא "Live", במובן זה משתנה לנוקליאוטידים, למשל באמצעות שימוש בכלי היישור (ראה סעיף הבא), לגרום לעדכונים מיידיים לחומצות האמינו המוצגות. ב עורך · ב Maclade 3, יש רק כלי אחד זמין בעורך: החץ. Macclade 4 יש לוח כלי, עם 17 כלים sequencesus · macclade 4 יכול לחשב ולהציג רצפים קונצנזוס. ישנן מספר אפשרויות לחישוב, ומאפשרת לאחד להצגת רצפי הקונצנזוס של חירות משתנה. רשימת חלונות ובחירה ומניפולציה של אובייקטים · ב MacClade 3, יש חלון מצב אופי אשר מפרט את הדמויות ואת המאפיינים השונים שלהם. זהו החלון שבו אתה יכול לשנות את המשקולות וסוגים של דמות. ב Macclade 4, חלון רשימת התווים כבר השתפר, ויש עכשיו גם חלונות מקבילים גם עבור taxa, עצים, קובע משקל, סוג ערכות, סטים הכללה, ערכות תווים, ומסדרונים. בחלונות אלה באפשרותך לשנות שם, לסדר מחדש, למחוק ולשנות את האובייקט הזה. הנה שלוש דוגמאות: ניהול בלוק Nexus · אתה יכול עכשיו לתפעל בלוקים שונים נקסוס הכלול בקובץ הנתונים, כולל בלוקים PAUP. זה מאפשר לערוך פקודות כי PAUp יעבד כאשר הוא מבצע את file.Constrint עצים · אתה יכול לבקש MacClade כדי להציל את העץ על המסך כמו עץ אילוצים. אם תעשה זאת, שמור את הקובץ ב- Macclade, ולאחר מכן לבצע אותו מחדש ב- PAUP *, האילוצים יהיה זמין לשימוש עם פקודות חיפוש וסינון של PAUP.Decay · בעוד MACCLEDE 4 אינו חישוב מדדי ריקבון (ערכי תמיכה ברמר ) עצמה, היא תיצור קובץ PAUP המכיל את פקודות הטקסט הדרושות כדי לחשב את ערכי המדד ריקבון של כל האדידים על העץ בחלון העץ של Macclade. אם תפעיל את הקובץ הזה ב- PAUP, PAUp תבצע את כל החיפושים הרלוונטיים כדי לחשב את מדדי ריקבון: · שמור מושבת מה חדש במהדורה זו: · מציג מספר אי וודאויות או פולימורפיזמים בחלון רשימת הטקס.

Macclade תוכנה קשורה