Cytoscape קוד פתוח ביוינפורמטיקה פלטפורמת תוכנה לדמיין רשתות אינטראקציה מולקולרית ומסלולים ביולוגיים
הורד עכשיו

Cytoscape דירוג וסיכום

Cytoscape תגים

לַחֲזוֹת מכשיר חזותי לדמיין את המולקולה אינטראקציה רשת Visualizer. הדמיית גנים רשת אינטראקציה

Cytoscape תיאור

קוד פתוח ביוינפורמטיקה פלטפורמת תוכנה לדמיין רשתות אינטראקציה מולקולרית ומסלולים ביולוגיים Cytoscape הוא קוד פתוח ביוינפורמטיקה פלטפורמת תוכנה להדמיה רשתות אינטראקולריות מולקולריות מסלולים ביולוגיים ושילוב אלה ברשתות עם הערות, פרופילים ביטוי גנים ועוד נתונים של המדינה. למרות ציטוסקציה תוכנן במקור למחקר ביולוגי, עכשיו זה פלטפורמה כללית עבור ניתוח רשת מורכבת ו הדמיה. התפלגות הליבה Cytoscape מספקת קבוצה בסיסית של תכונות לשילוב נתונים ויזואליזציה. תכונות נוספות זמינות כמו plugins. Plugins זמינים עבור רשת ניתוחים פרופיל מולקולרית, תמיכה נוספת פורמט קובץ, scripting, פריסות חדשות, וחיבור עם מסדי נתונים.פלאגינים ניתן לפתח על ידי כל מי להשתמש ב- Cytoscape Open API מבוסס על טכנולוגיית Java ו- Plugin קהילתי פיתוח מעודד. הנה כמה תכונות עיקריות של "cytoscape": תומך בסטנדרטים רבים: · Cytoscape תומך הרבה פורמטים סטנדרטיים של רשת וערימה, כולל: SIF (תבנית אינטראקציה פשוטה), GML, XGMML, Biopax, PSI-MI, SBML, OBO, ואגודת הגן. קבצי טקסט מופרדים ו- MS Excel Workbook נתמכים גם ואתה יכול לייבא קבצי נתונים, כגון פרופילי ביטוי או הערות, שנוצרו על ידי יישומים אחרים או תוכניות גיליון אלקטרוניות. באמצעות תכונה זו, אתה יכול לטעון ולשמור תכונות שרירותיות על צמתים, קצוות, ורשתות. לדוגמה, קלט קבוצה של תנאי ביאור מותאמים אישית עבור החלבונים שלך, ליצור קבוצה של ערכי ביטחון עבור אינטראקציות חלבון חלבון שלך. לקוחות שירות אינטרנט: · Cytoscape עובד כלקוח שירות אינטרנט. משמעות הדבר היא cytoscape יכול להתחבר ישירות למסדי נתונים ציבוריים חיצוניים ויבוא נתונים ו ביאור. נכון לעכשיו, שביל, שלם, ביומרט, NCBI Entrez גן, ו PICR נתמכים. ואנחנו ממשיכים לפתח לקוחות חדשים עבור מסדי נתונים פופולריים. יכולת פעולה הדדית: · מאז Cytoscape תומך ביבוא / ייצוא פורמטים סטנדרטיים סטנדרטיים, אתה יכול בקלות לשים cytoscape לתוך זרימת העבודה שלך. לדוגמה, אם יש לך נתוני רשת שנוצרו על ידי IGRAPH או BIOCONDUCTOR, Cytoscape יכול לטעון את הקובץ כטבלת טקסט ואתה יכול לייצא אותו בפורמט PSI-MI עבור כלי ביואינפורמטיקה אחרים או תוכניות / סקריפטים משלך. קובץ הפעלה: · אתה יכול לשמור את העבודה שלך על ידי לחיצה אחת. כל ההגדרות, קובצי הנתונים והדגמיזציות ארוזה בקובץ מושב. זה נקרא cytoscape הפעלה (.cys) קובץ. קובץ מושב Cytoscape כולל רשתות, תכונות (עבור הצומת / קצה / רשת), מדינות שולחן (נבחרות / נסתרות וקצוות, גדלי חלונות), מאפיינים, כמה מדינות תוספות וסגנונות חזותיים. דרישות: · ג 'אווה 5 או מאוחר יותר

Cytoscape תוכנה קשורה