מערכות ביולוגיה שולחן העבודה חינם, קוד פתוח ומסגרת פשוטה עבור יישום בין תקשורת
הורד עכשיו

מערכות ביולוגיה שולחן העבודה דירוג וסיכום

מערכות ביולוגיה שולחן העבודה תגים

אפליקציות במסגרת תקשורת תִקשׁוֹרֶת לתקשר תקשורת יישום יישום בין תקשורת

מערכות ביולוגיה שולחן העבודה תיאור

חינם, קוד פתוח במסגרת פשוטה-תקשורת בין יישומים מערכות ביולוגיה Workbench (SBW), היא מסגרת תוכנה המאפשרת מרכיבי יישום הטרוגנית -written בשפות תכנות מגוונים ופועל על platforms- שונות כדי לתקשר ולהשתמש בכל היכולות של אחרים באמצעות מערכת מקודדת הודעה בינארי מהיר. מערכות ביולוגיה המטרה של Workbench היא ליצור פשוטה, ביצועים גבוהים, קוד פתוח תשתיות תוכנה אשר קל ליישם ולהבין. SBW מאפשרת יישומים (פוטנציאל לרוץ על מחשבים נפרדים, מופץ) כדי לתקשר באמצעות פרוטוקול רשת פשוטה. הממשקים למערכת כמוסים בספריות בצד לקוח שאנו מספקים עבור תכנות שונה languages.SBW מורכב משני רכיבים, ברוקר לניתוב הודעות ומודולים אשר לשלוח ולקבל הודעות. כל החיבורים בין מודולים ו ברוקר הם דרך ארובות TCP / IP סטנדרטית. כול הודעות מועברות במתכונת בינארית עבור מקסימום performance.If הודעה צריכה להישלח בין שני מחשבים שונים, אז הודעות נשלחות ראשונות לברוקר במחשב המרוחק, זה נתיבים בתורו ההודעה module.Modules מרחוק הנכון ניתן כתוב במגוון שפות, כולל, C / C, Java, Perl, Python, דלפי, ו Matlab.NOTE: SBW הוא שוחרר תחת רישיון BSD. מה חדש במהדורה זו: שימור ניתוח: · כלי ניתוח שימור שכתב, ביצועים טובים יותר מניב ואמינות מודול CLAPACK: · מודול שכתב CLAPACK עבור ביצועים טובים יותר ואמין C # מפקח: · לאפשר כניסתם מערכים מורכבים לציון מספרי מורכבים על ידי שימוש בפורמט: "(" "+" ")" · שיפורים עם ניתוב למעט ואופטימיזציה של UI StructAnalysis UI: · תיקונים קלים להתמודדות עם SBML החוקי Jarnac: · טיפול אזור קבוע של מספרים · לאפשר טעינה של SBML ישירות לתוך עורך עם תרגום אוטומטי כדי Jarnac. · פרוסת נוסף (מטריצה, lowerIndex, UpperIndex) הפונקציה כדי להפוך אותו easly לשורות extact ממטריקס. · נוסף timeSlice (מ ', lowerTime, upperTime) פונקציה, זו נוספה תמיכה בפונקציות סימולצית סטוכסטיים החדשות ומאפשרת למשתמש נתוני תמצית מן סימולציה סטוכסטיים בין שתי נקודות זמן. הנתונים צריכים להיווצר מכל הקריאות סימולציה gillXXX. הפונקציה להניח כי העמודה הראשונה של הנתונים היא משתנה בזמן. · נוסף מספר פונקציות חדשות לקרוא את המודול GillDM ב SBW. היתרים זה · גישה חובה מהר סימולטור סטוכסטיים נבדק באופן מלא, שיטות חדשות כוללות: gillLoadSBML (sbmlstr): למשל gillLoadSBML (p.xml) gillSimulate (STARTTIME, ENDTIME, periodSize): לתקופה קצובה לתפוס לאחד ויהיו כל הנתונים gillSimulateOnGrid (STARTTIME, . ENDTIME gridSize) gillSimulateMeanOnGrid (STARTTIME, ENDTIME, gridSize, גודל האוכלוסייה): המדמה אוכלוסייה של ריצות על רשת ומחזירה את המסלול הממוצע. gillSimulateMeanAndSDOnGrid (STARTTIME, ENDTIME, gridSize, גודל האוכלוסייה): זהה לקודמו מלבד זה גם מחזירה את סטיית התקן במשך הזמן לכל המינים. setSeed (seed): להגדיר את הזרע מספר אקראי, מאפשר ריצות כדי לחזור בדיוק. (זרע צריך להיות ערך שלם). · תוקן באג ב גישה לתפריט SBW. · Pdf נוסף (מ ') פונקציה. זה יהיה לחשב את פונקציית צפיפות ההסתברות עבור וקטור של נתונים שסופקו בפונקציה. · נוסף graphHist (מ ') זה זהה גרף אלא מגרשי היסטוגרמה ולא גרף קו.

מערכות ביולוגיה שולחן העבודה תוכנה קשורה