Rdkit cheminformaticics ומכונה למידה תוכנה
הורד עכשיו

Rdkit דירוג וסיכום

Rdkit תגים

לְמִידָה ספריית פייתון מְכוֹנָה למידת מכונה למידת כימואינפורמטיקה Cheminformatics

Rdkit תיאור

כימואינפורמטיקה ותוכנה למערכות לומדות RDKit היא ספריית פייתון עם מבני נתונים, אלגוריתמים, סקריפטים עבור קלט / פלט • cheminformatics.General מולקולרית פונקציונליות: חיוכים, mol, SDF, TDT • "כימואינפורמטיקה": - מסד חיפוש עם מכאיב - Canonical חיוכים - תמיכה כיראליות - בהמשכים קל (טקסט מולקולה) • תיאור 2D (כוללים תיאור מוגבל) • דור של 2D -> 3D באמצעות גיאומטרית מרחק • יישום uff לניקוי גיאומטריות • טביעת אצבעות (Daylight דמוי, "מפתחות MACCS", וכו ') • דמיון / גיוון pickingGeneral מולקולרי פונקציונאלי, cntd • subgraph / ניתוח שבר • הצורה מבוססת • חיובי Gasteiger דמיון • מולקולת מולקולת יישור • טרנספורמציות מולקולרית (באמצעות SMARTS) הכללי "QSAR" ספרייה תאר פונקציונאלי • מולקולרי: - טופולוגי (3, בלבן J, וכו ') - מדינת Electrotopological (ן) - ClogP, MR - "משרד חינוך כמו" מתארי VSA - אחרים • למידה: - Clustering - עצי החלטה, בייס נאיבי *, kNN * * פונקציונלי, אך לא יישום נהדר - מציצה, אקראי יערות - תשתיות: • פיצול נתונים • דשדוש • מחוץ שקית מודלים לסיווג • serializable • חלקות העשרה, סינון, כלי הקו etc.Command • ML / BuildComposite.py: ScreenComposite.py / ML • דגמים לבנות: • מודלים מסך ML /EnrichPlot.py: להפיק נתוני עלילה עשרה • ML / AnalyzeComposite.py: לנתח מודלים (רמות מתארות) • Chem / טביעות אצבע / FingerprintMols.py: ליצור BuildFragmentCatalog.py / Chem • 2D טביעות אצבעות: ניתוח מסוג CASE עם דרישות קטלוג היררכיות : · פייתון מה חדש במהדורה זו: · מבנה הספריות של חלוק שונתה כדי התקנת איפור של מודולים פייתון RDKit פשוט יותר. באופן ספציפי RDBASE $ ספרייה / Python השתנה וכעת $ RDBASE / rdkit ואת קוד פיתון החברה צופה כי $ RDBASE נמצא PYTHONPATH שלך. בעת ייבוא מודולים Python RDKit, אחד צריך עכשיו לעשות: "מן rdkit יבוא Chem" במקום "Chem יבוא". קוד ישן ימשיך לעבוד אם גם תוסיף $ RDBASE / rdkit כדי PYTHONPATH שלך, אבל הוא הציע לך בחום לעדכן את הסקריפטים כדי לשקף את הארגון החדש. · עבור מתכנתי ++ C: יש פה שינוי תואם הלא אחורה אטום בדרך ואיגרות חוב מאוחסן על מולקולות. עיין בסעיף * אחר * לפרטים. תודות · קירק דה-ליסלה, נואל O'Boyle, אנדרו Dalke, פיטר Gedeck, תיקוני באגים ארמין וידמר · טיפול לא נכון של 0s כמו ספרות סגירת טבעת (סוגיות 2,525,792, 2,690,982 ו) · טיפול לא נכון של אטומים עם Hs מפורש תגובות (בעיה 2,540,021) · SmilesMolSupplier.GetItemText () מתרסק (בעיה 2,632,960) · טיפול לא נכון של פרדות נקודת SMARTS תגובה (בעית 2,690,530) · קווי מטען רע בבלוקים mol עבור מולקולות גדולות (בעיה 2,692,246) · התלות להזמין ב AssignAtomChiralTagsFromStructure (בעיה 2,705,543) · התלות להזמין בקוד pharmacophore 2D · ככל LayeredFingerprints עכשיו להתמודד אג"ח טבעת אחת הלא ארומטיים בין האטומים ארומטי כראוי. תכונות חדשות · BRICS יישום · מורגן / יישום טביעות מעגליות · קוד pharmacophore 2D משתמש כעת קבצי fdef RDKit סטנדרטיים. · מידע זוגיות Atom ב CTABs כתוב עכשיו ולקרוא. אם נוכח בקריאה, דגלי זוגיות אטום מאוחסנים הנכס האטומי "molParity". · ויכוח "fromAtoms" אופציונאלי נוסף הזוגות אטום וטביעות אצבעות פיתול טופולוגי. אם זה מסופק, רק זוגות אטום כולל אטום שצוינו, או torsions כי גם להתחיל או סוף בבית האטומים שצוינו, ייכללו טביעת האצבע. · Kekulization הוא כעת אופציונלי בעת יצירת CTABs. מאז המפרט MDL עולה כי אג"ח ארומטי לא לשמש, זה מיועד בעיקר למטרת איתור באגים. · ככל removeStereochemistry () (RemoveStereoChemistry () מ Python) הפונקציה נוספה כדי להסיר כל מידע stereochemical מהמולקולה. אַחֵר · פונקציונליות GUI מבוססי Qt3 ב $ RDBASE / rdkit / qtGui ו $ RDBASE / פרוייקטים / SDView לא מומלץ לשימוש. זה עדיין צריך לעבוד, אבל הוא יוסר במהדורה עתידית. אנא אין לבנות משהו חדש על זה (מאוד ישן חורק) מסגרת. · הפונקציה DaylightFingerprintMol () תופסת היום, השימוש RDKFingerprintMol () במקום. · עבור C + + מתכנתים: שיטות Romol Getatompmap () ו getbondpmap () הוסרו. המולקולות עצמן תומכות כעת למפעיל [] () שניתן להשתמש בהם להמיר גרף iterators (E.g. Romol: Edge_iterator, Romol :: Vertex_iterator, Romol :: Adjacency_iterator) לאגמות המקביל. API חדש עבור looping מעל אגרות החוב של אטום: ... molptr הוא const romol * ... ... Atomptr הוא אטום קונט * ... Romol :: Odege_iter beg, סוף; Boost :: עניבה (Beg, End) = Molptr-> Getatombonds (Atomptr); בעוד (beg! = סוף) {const bond_sptr bond = (* molptr) ; ... לעשות משהו עם הקשר ... + + להתחנן; } API חדש עבור looping מעל אטומים של מולקולה: ... mol הוא רומם ... Romol :: Vertex_iter Atbegin, Atend; Boost :: עניבה (Atbegin, Atend) = mol.getngates (); בעוד (ATBEGIN! = Atend) {ATOM_SPTR AT2 = MOL ; ... לעשות משהו עם אטום ... + + Atbegin; }

Rdkit תוכנה קשורה