Asgard Asgard הוא נתיב מטבולית שיקום תוכנה.
הורד עכשיו

Asgard דירוג וסיכום

Asgard תגים

מסלול מטבולי שחזור שביל ביאולוגיה ביולוגית מטבוליים נָתִיב שִׁחזוּר

Asgard תיאור

ASGARD היא תוכנת שחזור מסלול מטבולי. ASGARD היא נתיב מטבולית שחזור תוכנה, אבל גם מייצר סוגים אחרים של רצף ביולוגי ביאור (ללכת מספרים, דוחות הפיצוץ). כלי Asgard מיועד להיות לרוץ במערכות כמו UNIX, ותומך SGE או PBS.Asgard ואת התיעוד שלו משוחררים תחת GNU GPL V.3 ו- GNU FDL V 1.2 (ראה Doc / העתקה DOC / DOC_License עבור רישיונות). למרות הבלטה גם שוחרר תחת ה- GPL, קוד המקור אינו כלול עם Asgard מאז הבינאריות הכלולות נלחמו ללא שינוי מהמקור. אם אתה רוצה את קוד המקור עבור ספליטר, אנא צרו איתי קשר, או לקבל אותו ישירות מן ההפצה הבלטה. אנא בדוק את ידנית (DOC / ASG_MANUAL.PDF) במדריך / Doc עבור פרטים על התקנה ושימוש Asgard ו ליווי שירותים.אופהיות : -v מציג גרסת תוכנית וייצוצים; -h מציג הודעה זו עזרה ויציאות; תוכנית זו ניתן להפעיל החל עם רצפים ארוכים DNA או גן בגודל DNA או רצפים חלבון. - השתמש באפשרות זו אם יש לך רצפים קטנים כדי להוסיף הערות - הם לא יהיו שבורים לרצפים קטנים יותר עבור הפיצוץ. (ברירת מחדל: רצפים ארוכים) - קובץ GFF לא נוצר, -G ו -S מתעלמים; -B לעשות הראשון הפיצוץ נגד DB כללי בלבד ולהפסיק (ללא שחזור מטבולית); -Q להתחיל משלב השני של צינור (הפיצוץ נגד DB כללי בעבר נעשה); -z לעשות רק את הצעד האחרון של צינור (השני, "הפוך" הפיצוץ כבר נעשה); חובה: אני fasta קובץ עם רצף (ים) אתה רוצה attesotate; -P תוכנית הפיצוץ להשתמש, אחד blastn, blastp, blastx, tblastn או tblastx (התייעץ עם תיעוד הפיצוץ אם אתה לא יודע איזה מהם להשתמש); -D DATABASE הפיצוץ לשימוש (שנוצר על ידי פורמט DB, ראה הפיצוץ Docs, עבור שחזור מטבוליקולי, מסד נתונים זה נגזר באופן אידיאלי מ Swissprot; עבור הפיצוץ הכללי בלבד, כל מסד נתונים יעשה); * -F קובץ עם רצפים fasta המתאים למסד הנתונים הפיצוץ; -ML מיקום של קבצי מיפוי, הנדרש עבור השלב האחרון של שחזור (-Z); אופציונלי: - E-Value לשימוש בחיפושים הפיצוץ (ברירת מחדל: 1E-6); -P לא להגיש משרות לתזמון תוכנה (PBS / SGE); -j מספר מקסימלי של להיטים לחזור בכל חיפוש הפיצוץ (10); -M פורמט פלט לתוצאות הפיצוץ (תקף רק עבור -B, ברירת מחדל: 8); גודל כדי לשבור את הרצף המקורי, אם אתה לא משתמש -W (500 bp); - מספר צמתים לשימוש עבור הפיצוץ, הראשון איטרציה (10); - מספר מעבדים לכל צומת לשימוש עבור כל פקודה הפיצוץ (1); -k לשמור על קבצי מתווך (הפיצוץ מסדי נתונים ותוצאות), ברירת המחדל מוחקת אותם - הם יכולים לקחת הרבה מקום. -B כל פרמטרים נוספים ברצונך להשתמש עבור הפיצוץ, זה חייב להיות מוקף ציטוטים (כפול או יחיד), כמו "-F F" או '-F F', לדוגמה, או הפלט יהיה בסדר.

Asgard תוכנה קשורה