סטדן חבילה חבילת Staden היא קבוצה מפותחת לחלוטין של הרכבה רצף DNA, עריכה וניתוח כלים.
הורד עכשיו

סטדן חבילה דירוג וסיכום

סטדן חבילה תגים

מנתח נתונים סדר פעולות הַרכָּבָה דנ"א רצף דנ"א רצף הרכבה

סטדן חבילה תיאור

חבילת Staden היא קבוצה מפותחת לחלוטין של הרכבה רצף DNA, עריכה וניתוח כלים. Staden החבילה היא קבוצה מפותחת לחלוטין של הרכבה רצף DNA (GAP4), עריכה וניתוח כלים (ספין) עבור Unix, Linux, MacOSX ו- MS Windows.ON החזית GAP4 היו כמה ציונים מצטרפים בממצאים פנימית מצטרפת ותפקודיות של כפתור יישור בעריכה הצטרפות. של תוצאה של GAP4 הם השינויים השונים io_lib (tielibrary עבור כל I / O כדי פורמטים שונים של קבצים עקבות). עם התוספת של תוכנית חדשה hash_exp זה מאפשר כעת קבצי ניסוי כדי beconcatenated יחד ואינדקס. רשימה של קובץ הניסוי Namesshould Stil להיות מסופק GAP4, אך בתנאי Exph_path EvencentVariable נקבע כראוי GAP4 יוכלו להחזיר את התבוננות מתוך ניסוי משוריין. שיפורים בממשק המשתמש עבור זה עדיין צריך bemade.454 SFF ארכיון כיום נתמך טוב יותר. עבודתם של הדגימה 454, למרות שתוכנית Hash_SFF ניתן להשתמש כדי לספק אסטרטגיית אינספור אסטרטגיה (אולי מהירה יותר במקרים מסוימים). GAP4 ו TRV יש גם סגנון תצוגה אחר עבור עקבות כי 1 סריקה לדוגמה (X4 ערוצי) לכל שיחת בסיס. במקרה זה זה לצייר 4 ערכי ביטחון במקום 1 לכל בסיס. יכולות אלה מאפשרות שילוב טוב יותר של עקבות סולקסה כאשר יותר readilyavailable.Plus כמובן את התמהיל הרגיל של תיקוני באגים ו tweaks קלים. ראה שינויי התחבר 'משנה' (באמצעות אתר SourceForge). שינויים בולטים אחרים. שיפורים שונים. "הקיזוז המתאם" הוא כעת מתכוונן (זה שולט הציון המתאם הממוצע הדרוש לפני קבוצות נחשבים עבור מיזוג אוטומטי). שיחות בסיס SNP עכשיו לעבוד על ידי יצירת קונצנזוס במקום לדרוש 100% זהות. עכשיו זה מדלג sequences המכילים הערה refs. מיזוג יכול להיות מאולץ עד מספר הקבוצות הוא פחות או שווה סכום קבוע מראש (NB: לא בדרך כלל אידיאלי). · Shuffle Pads עכשיו יש פרמטר "גודל הלהקה" עבור יישור. גם באג קבוע במקומות שונים. · העורך הישן דשדוש הפקודה הוחלף על ידי רפידות רצועות. עכשיו זה רק מסיר רק עמודות של רפידות ואודה לא תנועה כרית בכלל. · עורך העורך align כעת תתמודד עכשיו עם טיפול יישור ארוך בנתונים חוזרים, בתקווה להימנע מ "זמן רב מדי לשימוש מעשי של תכנות דינמי" מקרים. זה גם עכשיו "" לחצנים משני הצדדים של כפתור "יישור". עוגן אלה קצה אחד של היישור למיקום החפיפה הנוכחי ולאחר מכן יישר רק מנקודה זו או ימינה. זה עוזר לאלץ יישור לעוגן במיקום מסוים אשר שימושי כאשר יישור נתונים המורכבים של אלמנטים חוזרים מרובים. · יישור שנמצא על ידי מצטרפים פנימיים עכשיו לקחת בחשבון את ציון היישור בנוסף לאחוז זהות. משמעות הדבר היא כי לא יהיה עוד 100bp חפיפה בזהות 100% להיחשב חפיפה טובה יותר מאשר חפיפה 2KB ב 99% זהות. · חלון ניווט contig עכשיו יש עמוד למעלה ולדף למטה keybindings עבור המשחק הקודם וה הבא. כמו כן, יש את היכולת להציג עקבות באופן אוטומטי באזורים המתאימים באמצעות העורכים המתחרים "פונקציונליות תצוגה אוטומטית". · חלון "תצוגה" עכשיו יש לחצן 'שמור'. . · הוסיף trace_path ו exp_path משתנים לשימוש בהעדפה Rawdata (כאשר מוגדרים). עכשיו משתמש Libcurl במקום wget עבור הרבה יותר מהר מבוסס אינטרנט מבוסס אחזור.

סטדן חבילה תוכנה קשורה