כרומוזום :: מפה יצירת תמונות GD של מפות כרומוזום
הורד עכשיו

כרומוזום :: מפה דירוג וסיכום

כרומוזום :: מפה תגים

פרל מודול גֵנֵרָטוֹר מפות תמונות GD מפות כרומוזום כרומוזום

כרומוזום :: מפה תיאור

צור תמונות GD של מפות כרומוזום כרומוזום :: המפה היא מודול פרל שיכול לייצר קובץ תמונה כרומוזומלית. זה יכול לשמש כדי לצייר מפות גנטיות או גופניות. מספר מסלולים (I.E. רשימת סמן) ניתן להוסיף למפה הכרומוזומלית: מסלול סמנים ומרווחי QTL רווח (ראה תקציר). רשימת צבעים צבעים זמינה בכתובת http://chicken.genouest.org/documentations/chromosomap/#colorssynopsis #! / Usr / bin / perl -w # סקריפט זה לייצר מפת כרומוזומלית עם מספר סמנים ו- QTL # Interval. תוכן מזויף GC מתווסף לשימוש chromosome קפדנית; השתמש כרומוזום :: מפה; % h => 'ADL120 =>' 25 ', ADL035 =>' 5 ', ADL034 =>' 11 ', MCW014 =>' 89 ', MCW340 =>' 70 ', Lei456 => '132', Lei451 => '130', Lei452 => '130.7', Lei454 => '131', Lei455 => '131.4', Lei457 => '132', MCW087 => ' 50 ', MCW012 =>' 12 ', MCW051 =>' 51 ', ADL123 =>' 27 ', ADL122 => '26', ', MCW114 =>' 45 ', Lei258 => '15 ', MCW240 => '45 =' ', MCW247 =>' 11 '', MCW614 => '44 ',' ', ADL067 =>' 5.3 ', MCW140 => '45', lei056 => 45 '' ,); המפה שלי = chromosome :: מפה-> חדש (-Length => '140', -שם => 'GGA5', -Hight => '500', -Units => 'ס"מ',); $ $ גודל = $ Map-> get_map_size; יחידות $ שלי = $ מפה-> get_map_units; הדפסה "גודל מפת: $ גודל $ יחידות ": :: MARK_TRACK = Chromosome ::::::> -name => 'QTL', -Type => 'מרווח' שלי = chromosome :: המפה :: מסלול-> חדש (-Name => '% תוכן GC', -Type => 'תכונה' , -Display => 'יחסית', -render => 'שיפוע',); # הוספת מסלולים למפה $ Map-> add_track ($ mark_track); $ Map-> add_track ($ QTL_TRACK) $ Gc_track); $ nb_track = $ map-> get_nb_tracks, הדפס "NB Track: $ NB_TRACK # # יצירת תכונה מזויפת אלמנטים יחסית להוסיף אותם במסלול # רק עבור מטרה ממחישה שלי GC שלי; עבור ($ i = 0 = $ Inew (-LOC => $ NB, -Color => Indigo ', - ערך => $ gc {$ nb}, -valueType => 'יחסית',); $ gc_track-> add_ellement ($ gc); @ שלי @color = QW (Blueviolet DarkGoldenrod שחור Softblue חאקי אדום עגבניות כחול); foreaute שלי $ מארק (מפתחות% H) {שלי $ i = ABS (Int (Rand ($ # צבע))); שלי $ לסמן = כרומוזום :: מפה :: אלמנט -> חדש (-שם => $ מארק, -לוק => $ H {$ mark}, -color => $ color ,); $ mark_track-> add_ellement ($ סמן);} # מגדיר אלמנט QTL שלי $ QTL1 = Chromosome :: מפת :: בלוק-> חדש ( -Name => 'BW', -Start => '3', -So => 'DarkGoldenROD',); שלי QTL2 = Chromosome :: מפה :: בלוק-> חדש (- NAME => 'שומן', -Start => '92', -Send => 'ParkGoldenRod',); שלי QTL3 = Chromosome :: שם :: בלוק-> חדש (-Name => 'רזה', -START => '120', -color => 'DarkGoldenRod',); שלי QTL4 = Chromosome :: מונח :: בלוק-> חדש (-Name = > 'ביצה Dev', -Start => '95', -Send => '115',); שלי $ QTL5 = Chromosome :: מפה :: בלוק-> חדש (-Name => 'IC', -Start => '91', -האלה => '122', -Color => 'Blueviolet',); שלי $ QTL6 = Chromosome :: מפה :: בלוק-> חדש (-name => 'נולד', -Start => '20', -Send => '130',); שלי $ QTL7 = Chromosome :: מפה :: בלוק-> חדש (-Name => 'רבייה', -Start => '20', -שם => '130',); $ QTL_TRACK-> Add_ellement ($ QTL1); $ QTL_TRACK-> Add_ellement ($ QTL2); $ qtl_track-> add_element ($ QTL3); $ qtl_track-> add_element ($ QTL4); $ qtl_track-> add_element ($ QTL5); $ qtl_track-> add_ellement ($ QTL6); $ qtl_track-> add_element ($ QTL7); שלי $ PNG = $ מפה-> PNG; שלי $ filename_png = "chr_map.png"; פתח (PNG ',> $ filename_png ") ||| למות "לא ניתן ליצור קובץ: $ filename_png! "Binmode PNG, הדפס PNG $ PNG, סגור PNG; דרישות: · פרל

כרומוזום :: מפה תוכנה קשורה