טקס טטרסטית ליצור ולשמור על פילוגנציה "חבילות התייחסות" של רצפים ביולוגיים
הורד עכשיו

טקס טטרסטית דירוג וסיכום

טקס טטרסטית תגים

ספריית פייתון פִּיתוֹן בִּיוֹלוֹגִי רצפים ביולוגיים רצפים

טקס טטרסטית תיאור

טקסטסטי הוא מודול פייתון המשמש לבנות ולתחזק חבילות התייחסות - כלומר אוספים של עצי התייחסות, יישור התייחסות, פרופילים, ומידע טקסונומי הקשורים.- QuickStart- תיעוד מלא סקריפט בשם מונית מספקת ממשק שורת הפקודה: MASIT.PYC {info, החזרה, עזרה, ליצור, עדכון, New_database, Reroot, Maxids, רצועת, Add_nodes, רולפארד, לבדוק, מיכון} ... יצירה , אימות ושינוי של חבילות התייחסות לשימוש עם `pplacer` ו תוכנה קשורה. טיעונים: {info, החזרה, עזרה, ליצור, עדכון, New_Database, Reroot, MASIDIDS, רצועה, Add_nodes, רולפארד, בדיקה, שיפוט} עזרה מפורטת עזרה עבור פעולות באמצעות 'עזרה `Add_nodes להוסיף צמתים חדשים למסד נתונים המכיל טקסונומיה. בדוק טקסטסטיים / subcommands / check.py להפעיל סדרה של בדיקות עמוקות יותר על RefPKG. זה subcommand הוא עטיפה סביב שיטת RefPKG is_ill_formed. מידע הצג מידע על חבילות התייחסות. צור יוצר חבילת התייחסות New_database יוצר קובץ CSV המתאר שושנים עבור קבוצה של TASA REROOT REROOTE מבחינה טיעונומית עדכון חבילת התייחסות מוסיף או עדכונים קבצים או metdata ב refpkg. Update SubCommand לוקח RefPKG לפעול, ולאחר מכן סדרה של שינויים לבצע, לידי ביטוי כקובץ = קובץ. אז כדי להוסיף קובץ ../otherdir/boris תחת המפתח "meep" ו ABCD מתחת למפתח 'הילדה' ב RefPKG 'MY- RefPKG', היית לרוץ $ מיסיית עדכון שלי RefPKG Meeep = .. / Otherdir / בוריס הילדה = ABCD אם קובץ כבר קיים תחת מפתח נתון, הוא מוחלף. העברת העדכון המסיית האפשרות - Ametada אפשרות עושה את זה עדכון metadata במקום קבצים. לדוגמה, כדי להגדיר את שדה המחבר ל "ג'ינגיס חאן" ואת הגירסה ל 0.4.3, להפעיל $ taxit עדכון - סטאראטה "מחבר = Genghis Khan" גרסה = 0.4.3 MASIDS לחפש קבוצה של MAS_IDS מ שמות טקסונרים יוצר קובץ CSV המתאר שושלות עבור קבוצה של רצועת המס מסיר את כל החזרה ואת המידע הרולפון והקבצים שאינם מחוברים למצב הנוכחי של RefPKG. $ tasit רצועת RefPKG REFPKG החזרה RefPKG כדי לבטל את הפקודה הקודמת. $ tasit Rollback MY-RefPKG אתה יכול גם לציין את # כדי לציין את מספר הפעולות כדי להתגלגל בחזרה (ברירות מחדל ל 1), כמו Rollback $ TASIT -N 3 שלי RefPKG Rollforward מגלגלת הפקודה התגלגלה על RefPKG. $ MASIT RollForward My-RefPKG אתה יכול גם לציין את # כדי לציין את מספר הפעולות להתגלגל קדימה (ברירות מחדל ל 1), כמו $ מיסים רוליפדון 3 טיעונים שלי- refpkgoptional: -h, --HELP הצג את העזרה הזו הודעה ו Exit -v, - - הדפסה של מספר הגירסה והיציאה -V, עלייה במללו של פלט המסך (לדוגמה, -V הוא Verbose, -VV יותר SW) -Q, - מטיילים. PYC דף הבית של המוצר

טקס טטרסטית תוכנה קשורה