| pknotsrg RNA מתקפל ותועלת תכלית תרמודינמית. |
הורד עכשיו |
pknotsrg דירוג וסיכום
- מערכות הפעלה:
- Windows All
pknotsrg תגים
pknotsrg תיאור
PKNOTSRG הוא כלי מתקפל RNA מבנים משניים, כולל הכיתה של פסאודוקנות רקורסיבי פשוט. התוכנית פועלת ב O (n ^ 4) זמן ו O (n ^ 2) שטח, ולכן היישום שלה כאן על Bibiserv מוגבל רצפים של אורך עד 800 בסיסים. הפרמטרים האנרגיה למבנים המכילים לא pseudokinots הם זהים כמו mfold בפועל 3.1. טמפרטורת הקיפול תוקנה ל 37C. כרגע, ישנם שלושה מצבים שונים זמינים: PKNOTSRG-MFE: מחשב את המבנה של S (קשור או לא) של אנרגיה חופשית מינימלית. PKNOTSRG-ENF: אוכף pseudoknot: הוא מספק את המבנה המלא ביותר במרץ של S זה כולל לפחות אחד pseudoknot איפשהו. PKNOTSRG-LOC: מספק את pseudoknot המקומי הטוב ביותר שיכול להיות אלמנט של כל מבנה של S, שבו "הטוב ביותר" מוגדר על ידי אנרגיה חופשית לכל נוקליאוטיד. שאר השרידים נפרשים קבל pknotsrg ולקחת אותו לסיבוב כדי לראות מה זה באמת יכול לעשות בשבילך!
pknotsrg תוכנה קשורה