mmass כמה מודולים וכלים עבור טיפול רצף חלבון פרשנות ספקטרום המונית
הורד עכשיו

mmass דירוג וסיכום

mmass תגים

אָנָלִיזָה צוֹפֶה ניתוח נתונים פרשנות תמונה פרשנות פרשנות אסטרולוגית רצף חלבונים רצף קונצנזוס חלבון ספקטרומטרית מסה צופה בספקטרום ספקטרומטרית לנתח רצף חלבון יצירת סמל רצף חלבון חלבון רצף לוגו צפה בלוגו רצף חלבון השווה רצף חלבון הצג רצף חלבונים רצף חלבון ויזואליזציה הורד רצף חלבון חלבון רצף downloader. לתפוס רצף חלבון יישור רצף חלבון יישור רצף חלבון המוני ספקטרום הצופה

mmass תיאור

תוכנית mMass מציג חבילת קוד פתוח פלטפורמה מרובת כלים פשוטים לניתוח נתונים מסה spectrometric. היישום mMass מורכב בכמה מודולים וכלים לטיפול חלבון רצף הספקטרום פרשנות המונית עם דגש על משימות proteomic משותפים. תכונות עיקריות: תמיכה פורמט מרובה: mMass תומך במספר פורמטים ספקטרומטריית מסה, כגון mzData ו mzXML. Mass ספקטרה או נתונים peaklist ניתן גם לייבא בקלות מקבצים ASCII פשוט המורכב שתי עמודות (m / ערכי z וערכים בעוצמה) מופרדים כרטיסייה, רווח, פסיק או נקודה-פסיק. בנוסף, קיים תמיכה עבור נתון מקומיים ממכשירי סדרת הברוקר Daltonic Flex. אחת התכונות הפופולריות של mMass הוא היכולת לפתוח מסמך ריק וליצור peaklist ידני. תכונה זו שימושית במיוחד במקרים שבם תמונת ספקטרום או רשימה מודפסת של פסגות שכותרתו זמינה רק. עיבוד נתונים: לבסוף, ישנם פונקציות עיבוד כגון קטיף שיא אוטומטי, deisotoping, תיקון בסיס ואת חלקה. כיול: שיטות שתי זמינות עבור כיול נתונים. כיול הפנימי היא שיטת הכיול קלאסי, באמצעות ערכי ייחוס פנימיים. הרשימה המקיפה של ערכי ייחוס פנימיים נגישה וערכים חדשים ניתן להוסיף בקלות. כיול סטטיסטי, המכונה לעתים-כיול עצמי, היא שיטה מיוחדת זמינה עבור ספקטרום המוני פפטיד. לשתי השיטות, או ליניארי או ראוי ריבועית ניתן להשתמש. כלי רצף: mMass מספק עורך רצף פנימי, אשר ניתן להשתמש בהם כדי להפוך כל חלבון או רצף הפפטיד לרשות מודולים אחרים. כל שינוי יכול להיות מיושם גם בתור קבוע או משתנה. כלי חלבון Digest יכול לשמש כדי ליצור רשימה של פפטידים הנובע ב אנזימטי סיליקון או עיכול כימי של רצף החלבון שצוין. בדומה לכך, כלי פיצול פפטיד יוצרים רשימה של שברי פפטיד משותפים. בשני המקרים, כל השילובים האפשריים של שינויים במשתנה מחושבים תוצאה ניתן להשוות בקלות עם נתונים שנמדדו. בנוסף, רצף ניתן לחפש מסה פפטיד ספציפי על ידי כלי חיפוש רצף לזהות מחשוף שאינו ספציפי וכו. Mass מחשבון: כלי Mass מחשבון יכול לשמש כדי לדמות דפוס איזוטופי של הנוסחה נתון ספקטרום פרופיל שנוצר ניתן להשוות בקלות עם נתונים אמיתיים. חיפוש במתחם: כלי חיפוש במתחם ניתן להשתמש כדי לחפש כול מתחם מצוין משתמש בספקטרום. כול מתחם מוגדר בתור נוסחה מולקולרית, ולכן הן monoisotopic או מונית ממוצע יכולה להיות חיפוש עם כול תשלום. בנוסף כמה adducts ניתן לחפש גם כן. שיא הבדלים: הפרשנות של ספקטרה המונית בדרך כלל כרוך המחאה לכאורה בלתי נדלה של ההבדלים בין כל הפסגות בתוך הספקטרום. אולם כלי הבדלים Peak הוא מסוגל פשוט כדי ליצור טבלה של כל ההבדלים בין הפסגות peaklist. טבלה זו יכולה לשמש כדי להשוות באופן אוטומטי, תוך סובלנות שצוינה, כול הבדל עם ההמונים בהתאמה של כול חומצות אמינו, dipeptides מחושב או ערך המוני שצוין. קמע חיפוש: למרות ספקטרומטריית מסה היא כלי מאוד פופולרי עבור זיהוי חלבון, זה לא יהיה אפשרי ללא כלים זמינים לציבור באופן מקוון. mMass מספק ממשק המאפשר שליחת נתונים ישירות שלושת הכלים העיקריים הזמינים באתר האינטרנט של הקמע; פפטיד המוני טביעות אצבע, רצף שאילתא ו- MS / MS יון חיפוש.

mmass תוכנה קשורה