Vplg לחשב ולדמיין גרפים חלבונים
הורד עכשיו

Vplg דירוג וסיכום

Vplg תגים

גרָף חֶלְבּוֹן צופה גרף גרף חלבון גרף ויזואליזר

Vplg תיאור

VPLG, או הדמיה של גרפים חלבון ליגנד הוא כלי המשתמש במודל מבוסס גרף כדי לתאר את המבנה של חלבונים על רמת המבנה העל השני. גרף חלבון ליגנד מחושב מן הקואורדינטות האטומיות בקובץ PDB ואת הקצאות מבנה משני של אלגוריתם DSSP. בתרשים זה, קודקודים מייצגים אלמנטים מבנה משני (SSES, למשל. בדרך כלל alpha elpices ו גיליונות ביתא) או מולקולות ליגנד בעוד הקצוות מודל קשרים יחסים מרחביים ביניהם. VPLG כתוב ב- Java באמצעות ספריית Apache Batik עבור פלט SVG והוא יכול לרוץ על פלטפורמות מרובות. תכונות עיקריות: קורא נתונים אטום 3-ממדיים מקובצי PDB ומשימות מבנה משני מ - DSSP קובצי מחשבת גרף חלבון ליגנד מהנתונים ומדמימי את התרשים תומך פלט של תמונות גרף Bitmap (.png) ו וקטור (.svg) פורמטים יצוא גרפים חלבונים ליגנד בקובץ טקסט רגיל בפורמט שלה (.plg) כי הוא קל לערוך, לנתח וליצור עם תוכנית מחשב יכול לקרוא באופן ישיר לדמיין גרפים חלבונים מ .PLG-קובצי

Vplg תוכנה קשורה