 | Sweblastמחלקת רצף שאילתה, או רצפים |
| הורד עכשיו | |
Sweblast דירוג וסיכום
פרסומת
Sweblast תגים
Sweblast תיאור
Sweblast (הזזה חלון אינטרנט מבוסס הפיצוץ) היא תוכנית שורת הפקודה שנכתבה Perl לשימוש ב- Windows, Linux ו- Mac. המרכיב העיקרי של Sweblast.pl, יהיה לחלק רצף שאילתה, או רצפים, שסופקו בפורמט Fasta, לתוך סדרה של שאלה של אורך נבחר וחפיפה, ושולח אלה ברציפות של מתקן הפיצוץ של Genbank. תוצאות החיפוש נאספות לקובץ יחיד, blast.txt, בתיקייה משנה. זה מנותח על ידי הרכיב השני, sweblast_parser.pl, ואת התוצאות לשים לתוך תיקיית משנה כסדרה של קבצי CSV להיבדק באמצעות תוכנית גיליון אלקטרוני סטנדרטי, כגון Excel. כדי להסתכל על הארגומנטים הזמינים או אפשרויות, ניתן להפעיל את התוכנית באמצעות האפשרות -HELP Perl Sweblast.pl -Help. -Help או -h: הצג הודעה זו. - חולה או-אני: קובץ קלט (נתונים). -Output או - תיקיית פלט (אופציונלי). -Window או -W: אורך חלון ברירת מחדל 100 (אופציונלי). - או - אורך שלב - ברירת מחדל 50 (אופציונלי). -Database או -D: מסד הנתונים Genbank כדי לחפש - ברירת מחדל nr (אופציונלי). -Program או -P: תוכנית לשימוש: blastn, blastp, blastx - ברירת המחדל blastn (אופציונלי). -Expect או -e: מצפה (אופציונלי). -Endrez או -Q: שאילתה entrez (אופציונלי) בוליאני הפקודה להגביל את החיפוש הפיצוץ (למשל. "וירוס לא וירוס תפוחי אדמה "). -Prse או -r: כדי להתקשר sweblast_parser.pl (אופציונלי). -Cutoff או -C: משליך כניסות עם ערך E-Version (אופציונלי). או השתמש בתפריט האינטראקטיבי על-ידי הפעלת התוכנית ללא ארגומנטים ופעל לפי ההנחיה: Perl Sweblast.pl.
Sweblast תוכנה קשורה
