Simcoal לדמות מגוון גנטי מולקולרי בעזרת כלי זה.
הורד עכשיו

Simcoal דירוג וסיכום

Simcoal תגים

לְנַתֵחַ סימולציה לְחַקוֹת שינוי גנטי מערכת גנטית מידע גנטי רצף מגוון כלי ביולוגיה מולקולרית ניתוח גיוון מנתח גיוון מגוון לדמות דינמיקה מולקולרית ניתוח גיוון גנוטיפי ניתוח גיוון גנוטיפי גיוון גנטי לדמות מפה גנטית גישה לגיוון הגנומי לדמות מגוון גנטי סימולציה גנטית גנטית מגוון גנטי מולקולרי האוכלוסייה הפלואידית לדמות מוטציה גנטי מולקולרי בידול גנטי

Simcoal תיאור

Simcoal הוא שימושי, קל לשימוש ביישום שנועד במיוחד כדי לעזור לך לדמות מגוון גנטי מולקולרי במספר שרירותי של אוכלוסיות הפלואידים שנבדקו עבור קבוצה של מקושרים לחלוטין. הוא מבוסס על הגישה המשובצת המתוארת בתחילה שתוארו על ידי קינגמן (1982B, 1982A), ונחשפה בבירור בסדרה של מסמכים אחרים (Ewens 1990, Hudson 1990, Donnely ו Tavar 1995). הגישה לאחור לאחור אינה מדמהת את ההיסטוריה הגנטית של כל האוכלוסייה, כמו בסימולציות קדומות קונבנציונליות, אלא משחזרת את הגנאלוגיה הגנטית (היסטוריה קליפת) של דגימות של גנים שנמשכו ממדמטים שונים באוכלוסייה. עבור גנים נייטרליים, תהליך קליפת זה בעצם תלוי בהיסטוריה ועל הדמוגרפיה של האוכלוסייה, והוא עצמאי מתהליך המונטציה. תוכנית זו מדמה מוטציות החל מאב"ב המשותף האחרון (MRCA) של כל הגנים במדגם, ולהוסיף אותם באופן עצמאי על כל ענפי הגנאלוגיה בהנחה של תהליך poisson אחיד קבוע. באמצעות גישה זו דו-צדדית (שוטפת), משכפל רבים של דגימות הפלואידים של רצפי דנ"א, RFLP, או נתונים microsatellite ניתן לדומה מהר מאוד. ניתוח של מספר רב של דגימות מדומות מאפשר לאדם לקבל את התפלגות אמפירית של כמעט כל סטטיסטיקה שניתן נגזר מהנתונים הגנטיים, כולל נתונים סטטיסטיים שלא זמין נגזר אנליטי (Hudson 1993). יישומים אופייניים של התוכנית כוללים את לימוד ההשפעה של דמוגרפיות מורכבות על דפוס של גיוון גנטי בתוך ובין אוכלוסיות, כמו במקרה של צווארי בקבוק, מקרים מורכבים של תערובת, או מערכות metapopulation. בעוד יישום זה מייצר דגימות haploid של גנים או haplotypes, נתונים דיפלואידים ניתן ליצור תחת ההשערה של שיווי משקל Hardy-Weinberg על ידי נטילת זוגות אקראיים של haplotypes כדי ליצור גנוטיפים דיפלואידים

Simcoal תוכנה קשורה