 | Pphתוכנית להסיק haplotypes מ genotypes |
| הורד עכשיו | |
Pph דירוג וסיכום
פרסומת
Pph תגים
Pph תיאור
PPH פותחה כדי להיות תוכנית להסיק haplotypes של גנוטיפים כדי לקבוע אם יש הפניות וכתוצאה מכך haplotypes שמתאימים מודל עץ (כלומר. באוכלוסייה יותר מונחים גנטיים, PPH קובע אם קבוצה של גנוטיפים SNP ניתן להסביר על ידי זוגות haplotype שיכול היה להתפתח על cularess תחת no-recombination, אתרים אינסופית מודל. לפיכך היא קובעת נתונים Genotype SNP מה שלוש או ארבעה gametes מבחן (תלוי אם העץ הוא מושרש או לא) קובע נתונים של הפלוטיפ. בתכנית PPH, כאשר ביקש את הפורמט של נתוני הקלט, בחר אחד המספרים 1 עד 7 כפי שהוסבר להלן. פורמט הקלט קובע את תבנית הפלט. צעד אחר צעד לשימוש בתוכנית זו: 1. הקלד "pph.exe" כדי להתחיל את התוכנית. 2. אנא הזן את שם הקובץ: הזן את שם הקובץ של הקובץ המכיל מידע genotype או haplotype. 3. הזן את מספר תבנית הקובץ: (עיין בקובץ "פורמט.טקסט": תוכנית זו יכולה לקרוא שבעה סוגים שונים של פורמטים. עיין בקובץ "Format.txt" לקבלת מידע נוסף על הפורמטים. ערך הקלט צריך להיות מ 1 עד 7. 4. אנא קלט את שם הקובץ המחזיק את וקטור אבות, כלומר, וקטור בינארי המציין את מדינות התו בשורש העץ. ישנם שני מקרים מיוחדים בעלי חשיבות מיוחדת. אם מדינות אבות הן All-0, אז פשוט להזין "D" עבור במקרה ברירת המחדל; אם אתה לא יודע את מדינות אבות, להיכנס "M" עבור הרוב וקטור). במקרה זה, התוכנית תקבע אם יש עץ unroated שיכול לפתח את הגנוטיפים נתון. 6. קובץ פלט יופעל. שם קובץ הפלט הוא "פלט". לקבלת מידע אודות פורמטים של פלט, עיין בתבנית הקובץ.טקסט 7. התוכנית גם בודקת עקביות של הפלט. כלומר, זה בודק כי כל הצמד הפלוטיפ של פלט עושה למעשה התואמות את וקטור הזינו הזנוז. התוכנית מדווחת על תוצאה של צעד אימות.
Pph תוכנה קשורה
