Opencdsurf. לחישוב CD חלל הנגישות
הורד עכשיו

Opencdsurf. דירוג וסיכום

Opencdsurf. תגים

לנסח

Opencdsurf. תיאור

Opencdsurf היה פותח במיוחד ככלי קוד פתוח שיכול לחשב נגישות חלל ב נגזרות Cyclodextrin (CD). Opencdsurf פותחה במטרה לעבד את התפוקה של מסלול דינמיקה מולקולרית (MD), שהומרו בעבר לאוסף של קבצי PDB. התוכנית מזהה באופן אוטומטי כל תקליטור בודד בקובץ PDB, לא משנה אם הוא לבד, נגזר או כלול ב- Macromolecular Adducts, ומחשב את המשטח הנגיש ממס של חללו. כדי להשיג משימה זו, כל חלל תקליטור הוא הראשון מלא אטומי חמצן; לאחר מכן, אלגוריתם EDTSURF שפותח במעבדה Zhang הוא מופעל, אשר מחשב את המשטח נגיש ממס (SAS) של אטומים אלה, תוך שמירה על אטומים אחרים בסופו של דבר נוכחים בסביבה אשר עלול לעכב את הגישה לחלל, למשל .g. האטומים של מונומרס סוכר עצמם, או מונים אחרים אשר עשויים להיות מחוברים ליבת התקליטורים. Opencdsurf נשלטת באמצעות ממשק שורת הפקודה.

Opencdsurf. תוכנה קשורה