Hapmixmap hapmixmap היא תוכנית לדוגמנות haplotypes המורחבת במחקרי האגודה הגנטית
הורד עכשיו

Hapmixmap דירוג וסיכום

Hapmixmap תגים

ניהול האגודה גֵן עמותת תמונת dafault עריכת אגודת התוכנית הפלוטיפ גן מועמד המורחבת הפלוטיפים תג גנוטיפ SNP loci. תוכנית גנטית במורד הזרם ניתוח haplotypes. עיזים הפלוטיפים ניתוח האיתה הגנטית לנתח את האגודה הגנטית

Hapmixmap תיאור

אתה יכול להשתמש hapmixmap כדי לבדוק בקלות כל lociin גן המועמד שבו SNPs תג כבר מודפס במקרים ובקרות Hapmixmap היא תוכנית לדוגמנות המורחבת haplotypes במחקרי האגודה הגנטית. זה מיועד בעיקר מודל hapmap haplotypes באמצעות נתוני תג SNP Genotype. Hapmixmap היא תוכנית לדוגמנות המורחבת הפלוטיפים במחקרי האגודה הגנטית, בדומה לתוכנית Fastphase שפותחה על ידי Scheet ו- Stephens (2006). מודלים התוכנית לא נכנסו נתוני גנוטיפ על אנשים שאינם קשורים, ומתאימים מודל באיזו אי-שוויון של הצמדה נוצר על ידי תהליך ההגעה העצמאי של K. זה מתאים לתצפית כי בדרך כלל 2-4 חשבון haplotypes נפוץ עבור רוב גיוון אללי בכל בלוק haplotype, וזה נדיר haplotypes הם בדרך כלל גרסאות קלות של אלה modal haplotypes. מבנה דמוי בלוק של הפלוטיפים בגנום, המתאים לנקודות חמות רקומבינציה של אבות, מודל על ידי מתן אפשרות לשיעור הגעה להשתנות על פני הגנום. מודל זה דומה לזה המשמש ב- AdmixMap כדי להציג את התערוכה בין אוכלוסיות, ורוב הקוד ב- HapmixMap נגזר מ- AdmixMap. התוכנית מייצרת את ההפצה האחורית של haplotypes בכל כרומוזום, בהתחשב בנתוני גנוטיפ שנצפו. בדיקות ציון עבור האגודה עם משתנה תוצאה בנויים על ידי ממוצע על ההפצה האחורית. עבור משתנה תוצאה בינארי (כמו במחקר שליטה) התוכנית מתאימה למודל רגרסיה לוגיסטית. עבור תכונה כמותית, התוכנית מתאימה למודל רגרסיה ליניארית, ולנתוני זמן הישרדות התוכנית מתאימה למודל רגרסיה של קוקס. התוכנית מיועדת לשימוש עם נתוני Genotype של Hapmap: DataSet זמין עבור פאנל של 60 אנשים שאינם קשורים בכל אחת משלוש קבוצות קונטיננטליות. נתונים אלה גנוטיפ ניתן לשלב עם נתוני גנוטיפ על אנשים תחת המחקר (בדרך כלל אוסף שליטה במקרה) בתת קבוצה של Loci Hapmap. בדרך כלל זה משנה של Hapmap Loci יהיה תווית SNPS כגון אלה על Affymetrix או מערכים Illumina). התוכנית לאחר מכן מודלים את מבנה הפלוטיפ של האוכלוסייה, תוך שימוש בנתונים הן בפאנל Hapmap ושל אנשים במחקר, ומייצר את ההפצה האחורית של גנוטיפים בכל רחבי האפדפקט של Hapmap ביחידים תחת מחקר. שימוש ב- HapmixMap, כל מחקר גנטי של האגודה באמצעות פאנל של SNPs תג יכול להיות מנותק כאילו כל loci ב hapmap הוקלד. מבחן הציון עבור האגודה מאפשר כראוי עבור אי ודאות ב suberency של גנוטיפים ב untyped loci. היא גם תשואות, כתוצר לוואי, מידה של היעילות של עיצוב המחקר בבדיקת כל מוקלד, בהשוואה למחקר שבו מוקלדת ישירות). זהו היחס בין שנצפה במידע מלא במבחן הציון. זה יכול לשמש כדי להעריך את הלימות של לוח SNP תג, ולהחליט אם גנוטיפוי נוסף של loci untyped עשוי להניב כל מידע נוסף. HapmixMap דורש R כדי להיות מותקן במחשב שלך. R הוא תוכנית ניתוח סטטיסטית חינם

Hapmixmap תוכנה קשורה