Gnlab צינור חישובית עבור ניתוח רשת גן בקנה מידה גדול
הורד עכשיו

Gnlab דירוג וסיכום

Gnlab תגים

אָנָלִיזָה צינור SSIS. מִבְנֶה ביצועים חישוביים יעילות חישובית צנרת גיאומטריה חישובית חישובי צינור מותאם אישית דגם חישובית רשת גדולה צינור אוטומטי פריסות בקנה מידה גדול כספים חישוביים רכיב חישובית ביולוגי חישובית אסטרונומיה חישובית צינור דייזי פנלופה קרוז טפט כימיה חישובית ניתוח גנים ליצור ענן בקנה מידה גדול ניתוח גן מיקרוארי ניתוח ביטוי ג 'ין. בעיה חישובית כוח חישובית צינור בודק רכיב מרכיב צינור הבדיקה צינור לפענח Neuroscience חישובית צינור אופנה רשת גנים-תגובה-חלבון גישה חישובית צור רשת גן גנרטור רשת גנים חלבון קידוד ניתוח גנים ניתוח צינור ניתוח נתונים גנים יצירת יצירות אמנות חישוביות לדמות רשת גנים גדל צור רשת גן ניתוח נתונים של תדר גנטי ניתוח פילוגני גדול צינור חישובית ניתוח בקנה מידה גדול מבנה סטטי מודיעין חישובית פילוח צינור ניתוח גן משנה ניתוח נתונים ביטוי גנים עיבוד צינור גדול AVG חינם Firewall avipreview ares. .Snd לטקסט לולאות פירותי Blaze HDTV הנהג תוכנת חלקי רכב הורד מיקסר וידאו אלף באה קוראן v1.0 מקלדת מגע Iball עט כונן קובץ Explorer 2690. רוח שרת ssh

Gnlab תיאור

שם Gnlab מייצג מעבדה וירטואלית של רשת גן. Gnlab פותחה להיות כלי ביואינפורמטיקה רומן עבור ניתוח בקנה מידה גדול של רשתות רגולטוריות גנים (GRN). זה C + + שורת הפקודה תומך בניתוח של המבנה הסטטי והתנהגות דינמית של GRN. GNLAB מפותחת כדי לתמוך בעיצוב ויישום של ניסויים חישוביים חוזרים על GRN. GNLAB מורכב מרכיבים להפריד עבור דור רשת, סימולציה, ניתוח, ויזואליזציה, השוואה והסקה. באמצעות שימוש בתסריט מוגדר על ידי המשתמש, רכיבים אלה יכולים להיות צנרים יחד כדי לבנות צינור של ניתוח GRN. כל רכיב ניתן להפעיל על ידי אפשרות שורת פקודה. תכונות עיקריות: דור רשת: שלושה מודלים צמיחה ברשת זמינים ב- GNLAB. רשת אקראית יכולה להיות שנוצר על ידי מודל Erdos-Renyi (-R), מודל ללא קנה מידה (-F), או את דגם Charleston-Ho (-G). המודל של צ'רלסטון-הו הוא מודל הצמיחה של רשת חדש, המבוסס על תהליכים ידועים היטב באבולוציה הגנום. מודל זה מוצג כדי ללכוד את המבנה הטופולוגי המפורט של GRNS אמיתי (הו וצ'רלסטון, בהכנה). ויזואליזציה רשת: GNLAB יכול לייצר קבצי קלט עבור graphviz, geomi ו cytoscape. פונקציונליות זו יכולה להיות מופעלת על ידי אפשרות שורת הפקודה --V. סימולציה רשת: באמצעות קינטיקה של היל, תבנית הביטוי הגנים של GRN יכול להיות מדומה או דטרמיניסטית או stochastically. נתונים עבור פרופיל ביטוי גנים של סדרת זמן יכול להיות שנוצר על ידי הפעלת שורת פקודה -T -T. הנתונים המדומים מאוחסנים בקובץ טקסט עם הרחבת ".data". שלושה סוגים של מערכי נתונים microarray יכול להיות מדומה על ידי GNLAB: סדרת זמן, הפרעות גן, ומערכי נתונים ספציפיים מצב. אפשרות שורת הפקודה משמשת כדי להפיק סימולציה של נתונים microarray. ניתוח רשת: המבנה הסטטי של GRN ניתן לכמת על ידי אוסף של תכונות טופולוגיות רשת. קבוצה של 11 תכונות טופולוגיות מחושבת ב- GNLAB. השוואה רשת: הדמיון הטופולוגי בין שתי רשתות עם אותו מספר של צמתים ניתן לחשב ב- GNLAB. השוואה ברשת מופעלת באמצעות אפשרות שורת הפקודה -C. סיכום אחד של ההבדלים הטופולוגיים בין שתי הרשתות הוא פגום למסוף. רשת מסקנות: GNLAB אינו מבצע מסיקת רשת ישירות. עם זאת, הוא מאפשר את dataset microarray זה מייצר להיות מומרת לפורמט קלט של Aracne ובנג'ו. תהליך זה מופעל על ידי אפשרות שורת הפקודה.

Gnlab תוכנה קשורה