Copasi ניתוח רשתות ביוכימיות וסימולציה קל.
הורד עכשיו

Copasi דירוג וסיכום

Copasi תגים

אָנָלִיזָה לְנַתֵחַ ניתוח רשתות איתות שבת המערכת הביוכימית ביוכימי קינטיקה ביוכימית סימולטור ביוכימי צור קשר עם ניתוח רשתות משוואה ביוכימית לדמות רשתות ביוכימיות ניתוח רשתות ביוכימיות רשתות ביוכימיות

Copasi תיאור

Copasi הוא כלי אמין שנועד לעזור לך לנתח רשתות ביוכימיות ודינמיקה שלהם. הוא כולל קל לשימוש GUI המאפשר לך להגדיר את הרשתות, להוסיף משימות וליצור דוחות. כלי זה מגיע כתוכנית עצמאית התומכת במודלים בסטנדרט SBML והוא יכול לדמות את ההתנהגות שלהם באמצעות אלגוריתם סימולציה סטוכסטית של Gillespie; אירועים נפרדים שרירותיים יכולים להיכלל בסימולציות כאלה. Copasi מבצעת מספר ניתוחים של הרשת ואת הדינמיקה שלה יש תמיכה מקיפה להערכת פרמטרים ואופטימיזציה. Copasi מספק פירושו לדמיין נתונים בגרות להתאמה אישית, היסטוגרמות ואנימציות של דיאגרמות רשת תכונות עיקריות: דגם: רשת תגובה כימית. פונקציות קינטיות שרירותי. אודס לתאים, מינים וכמויות גלובליות. הקצאות עבור תאים, מינים וכמויות גלובליות. הקצאות ראשוניות לתאים, מינים וכמויות גלובליות. ייבוא SBML (L1V1 + 2, L2V1-4) ויצוא (L1V2, L2V1-4). ניתוח: זמן סטוכסטי ודטרמיניסטי סימולציה ניתוח מצב יציב (כולל יציבות). ניתוח שליטה מטבולית / ניתוח רגישות. ניתוח מצב יסודי. ניתוח שימור ההמוני. זמן סולם ניתוח הפרדה חישוב מעריכים Lyapunov. סורק פרמטר. אופטימיזציה של פונקציות אובייקטיביות שרירותיות. אמידת פרמטר באמצעות נתונים מקורס זמן ו / או ניסויים מצב יציב בו זמנית. ממשק משתמש גרפי (Copasiui) המחוונים לשינויים פרמטרים אינטראקטיביים. שולחנות מקודדים צבעים 3D בר תרשימים מגרשים histograms. דיאגרמת רשת ההדמיה של התוצאות. שורת הפקודה (Copasise) עבור עיבוד אצווה. גרסאות עבור MS Windows, Linux, Mac OS X, Solaris Sparc. טוען של קבצי Gepasi מורשת. ייצוא לברקלי מדונה, XPPPUUT ו- C קוד המקור של מערכת האודה שנוצר מהמודל. חיסכון של נוסחאות מתמטיות ואודס במתמטיקה או לטקס

Copasi תוכנה קשורה