Biokanga חבילת ביצועים גבוהים ביולוגינפורמטיקה יישומים
הורד עכשיו

Biokanga דירוג וסיכום

Biokanga תגים

ניתוח סדר פעולות ביואינפורמטיקה

Biokanga תיאור

Biokanga הוא אוסף של ביצועים גבוהים ביואינפורמטיקה יישומים מיקוד האתגרים של הדור הבא analytics רצף. Kanga הוא ראשי תיבות עומד עבור 'K-Mer הסתגלות הדור הבא Aligner' והוא היישום העיקרי. BIOKANGA הוא יעיל מאוד לקריאה מוקדמת, המשלבת הבנה נגזרת אמפירית של ייחוד רצף בתוך הגנום היעד כדי לאפשר יישור חזק של הדור הבא ברצף קצר לקרוא נתונים בקצוות (ABI). לעומת אחרים בשימוש נרחב, biokanga מספק רווחים משמעותיים הן את הפרופורציה והן באיכות של רצף מיושר קורא ביעילות חישובית או מוגברת או מוגברת. בניגוד לרוב leigners אחרים, biokanga מנצל מרחקים חזה בין יישור putative לאסיפת הגנום ממוקד עבור כל נתון לקרוא כמו קריטריונים קבלה מפחית במקום להסתמך על ציוני איכות המקור. Kangadna הוא המרכיב העיקרי של שני חלקי חלקים נוספים ממוקד לכיוון הרכבה של Novo של NGS קצר לקרוא נתונים. הרכיב המשני, Kangahrdx (K-Mer הסתגלות הבא Gen Aligner Homozygosity הפחתה) הוא בעיקר ממוקד לקראת RNA-SEQ Transcripts לפיו התמליל iSoforms תוצאה של כלים רבים התאספו השיתוף אזורים של זהות גבוהה ככל הנראה מרכיבים. רכיבי כלי: קנגאקס משמש לייצר מסד נתונים אופטימלי אופטימלי למכשיר המכיל את האסיפה הגנום הפניה נגד אשר NG קצר נתונים לקרוא מראש הם להיות מיושר לאחר מכן. קנגר זהו רכיב אופציונלי, אשר יכול לשמש מראש תהליך NG קצר לקרוא נתונים לתוך פורמט אשר אופטימיזציה לטעינה מהירה ויעילה על ידי Kanga Aligner. קנגה קנגה היא מרכיב aligner. זה התשומות העיקריות הן מסד הנתונים של הרכבה הגנום של הגנום, שנוצר על ידי קנגאקס, וגם מערך מעטה מראש קנגר או מקבצים גולמיים / Fastq קורא קבצים. הפלט הראשי מקאנגה הם יישור באחד ממספר פורמטים של משתמשים שנבחרו. קנגאדנה Kangadna הוא multieshase חמדן דה נובו מאסף עם המטרה העיקרית של אספקת איכות ביטחון גבוה יותר contigs גם אם איכות זו היא צברה במחיר של טווח מופחת ו / או contig nxx קונבנציונאלי אמצעים. Kangadna מרכיב באופן מקורי או בסיס או צבעים (מוצק) קורא. Kangahrdx Kangahrdx יעבד רצפים contig ולזהות אזורים אשר הם inter-contig homozygotic. אזורים שזוהו יוסר מכל אבל הקונגריקט הארוך ביותר וכתוצאה מכך contigs אשר hetryzygotic יותר. זה יכול לסייע דה נובו RNA-SEQ ניתוח טרנסרקטיקה או ב דה נובו הרכבה של גנום polyploidic. בדרך כלל Kangahrdx יבוצע על הקונגרד שנוצר על ידי Kangadna או כמה אסמבלר אחר, הגבלה משמעותית רק להיות כי הקלט חייב להיות bellespace ולא colorpace.

Biokanga תוכנה קשורה