 | Bambinoהצג קבצי BAM עם הכלי הזה. |
| הורד עכשיו | |
Bambino דירוג וסיכום
פרסומת
Bambino תגים
Bambino תיאור
Bambino הוא יישום קטן, פשוט תוכנן במיוחד כדי להציע למשתמשים צופה גרפי ו- SNP / Indel גלאי עבור הדור הבא רצף קבצים בפורמט סם / BAM. הצופה שלאחר תהליכים unpadded bam יישור כדי ליצור תצוגה מרופד לחלוטין של האסיפה, המאפשר להדמיה מלאה של הכנסת. תכונות עיקריות: מזהה SNPS, החדרות ומחיקות ישירות מקבצי BAM באמצעות תהליך להגדרה. זה עשוי להיות מופעל משורת הפקודה (ראה תיעוד BAM Utilities) או באופן אינטראקטיבי מתוך הצופה. יכול באופן דינמי בילוך נתונים מקובצי BAM מרובים: הצג ולנתח נתונים מזוגות גידולים / רגילים, ריצות מרובות, או אפילו פלטפורמות. גלאי גרסה מנצל היטב, גם לייצר פלט מתאים לזיהוי מוטציה סומטי. מיישב את כל האינדיס במערך לתוך יישור מאוחד, מרופד עם רצף ההתייחסות, ריפוד קורא ואת ההתייחסות לפי הצורך. בעוד מפרט SAM / BAM מאפשר יישור מרופד, רוב קבצי BAM מכילים נתוני מיפוי קריאה משוחזרים. Bambino למעשה ממיר את יישור אלה לא משופעים לתוך אלה מרופדים. Postprocessing זה מספק תצוגה מלאה ומאחד של האסיפה, אפילו של קורא שיש גדלים שונים של אינדל באותו מיקום. זה שימושי עבור הדמיה תכונות כגון Strps, באגים את היישור המיוצר על ידי תוכניות מיפוי קריאה. מציג מיפויים של אתרי DBSNP SNP והתייחס רצפים חלבון, באמצעות הערות הגנום UCSC. חיבור מסד הנתונים הוא להגדרה; זה יכול לטעון תכונות ממאגרי נתונים שונים ו / או גנום בונה, והוא יכול להשתמש UCSC הציבור MySQL שרת מסד נתונים או מראה מקומי שאתה מספק. מחשבת שינויים קידוד חלבון הנגרמת על ידי SNPs ב NCBI RevseQs יכול להציג קורא נגד רצף התייחסות סיים (כיום UCSC .2BIT ו .NIB פורמטים נתמכים), או קונצנזוס שנוצר ממקור הנתונים של המקור
Bambino תוכנה קשורה
