Bambe

ניתוח Bayesian ביולוגיה מולקולרית ואבולוציה
הורד עכשיו

Bambe דירוג וסיכום

פרסומת

  • Rating:
  • רישיון:
  • Open source
  • שם המפרסם:
  • Donald Simon & Bret Larget, Department of Mathematics and Computer Science, Duquesne University.
  • מערכות הפעלה:
  • Windows
  • גודל הקובץ:
  • Free
  • תאריך הוצאה:
  • 2021-05-15 20:54:20

Bambe תגים


Bambe תיאור

השם Bambe מייצג ניתוח Bayesian ביולוגיה מולקולרית ואבולוציה. Bambe פותחה להיות חבילת תוכנה חופשית עבור ניתוח bayesian של phylogenies. החבילה כוללת תוכניות לניתוח נתוני ה- DNA מיושר או RNA ומאפשרות לנתונים עם פערים או באתרים בלתי מוגדרים. התוכנית העיקרית משתמשת במגוון של אלגוריתמים של המטרופולין-הייסטינגס למדגם מן ההפצה האחורית המשותפת של עצים פילוגניניים ופרמטרים של סבירות. תוכניות אחרות בעזרת ההפצה בניתוח של עצים שנדגמו וערכי פרמטרים. הערה: כולם מקבלים הרשאה להעתיק ולהשתמש בחבילת תוכנה זו ואת התיעוד הנלווה לשימוש אקדמי אישי תכונות עיקריות: בחירה של מודלים סבירים. HKY85 (Hasegawa-Kishino-yano, 1985) F84 (כפי שיושם בפיליפ של Felsenstein) TN93 (Tamura-Nei, 1993) בחירה של Metropolis-Hastings Samplers להציע עצים פילוגנטיים חדשים (כולל גרסת הפצה חדשה של Beta Scaled של מקומי). Metropolis-Hastings Samplers להציע פרמטרים מודל חדש. הבחירה של דוגמים נפרדים לשרוף והסקה. מפרט גמיש של קטגוריות אתר עם ערכי פרמטר נפרדים עבור כל קטגוריית אתר. בחירה כדי לאתחל את החיפוש בעץ אקראי, עץ Upgma, עץ ההצטרפות לשכן, או עץ מוגדר על ידי המשתמש. שני פורמטים (Bambe and Newick) לקריאה ולכתיבת עצים. HTML עזרה קבצים. גרפית בזמן אמת ניטור של פרמטרים עץ ודגם.


Bambe תוכנה קשורה

Ssa

תוכנית להסיק פילוגוגנים מקסימלית של סבירות מ sequences DNA ...

483 368 KB

הורד

אשף הקמיע

מספק ממשק גרור ושחרר להגשת חיפושים טביעת אצבע המונית פפטיד ...

371 9 MB

הורד