Bamarray הורדה חינם , הורדה Bamarray בהורדת תוכנה

BAMarray הוא יישום מתקדם ומקצועי אשר מיישם את tehcnique BAM. BAM היא טכניקה סטטיסטית חדשה לזיהוי גנים הביע באופן דיפרנציאלי מנתונים microarray. בליבה של השיטה הוא סוג מיוחד של טכניקת זיהוי אות כי קישואים למטה איתות שווא תוך השארת אות אמיתית לבד. שיטות תקן לחפש גנים ידי הסתמכות על סטטיסטיקת מבחן יסודית באמצעות נתון גן אחד בכול פעם (כגון מבחני t, או ניגודים ממודלי ANOVA). רשימות ג'ין מתקבלות על ידי סינון נתון סטטיסטיים על ידי ניסיון לשלוט טעות מסוג I הכוללת, או שיעור תגליות שגוי, או על ידי סינון באמצעות רמת סף משתמש שצוין. BAM נוקט בגישה שונה במהות ומתמקד בהערכת ההשפעה הדיפרנציאלית של גן ידי סינתזת מידע בכול גנים בו זמנית. במקום סינון גנים, תופעות מוערכות ממופות לתוך סוגי דפוס. פסיכיאטרי מנגנון זיהוי אות המיוחדים של BAM לאפס תופעות משוערות גנים סבירים שיהיה להביע באופן דיפרנציאלי, וכתוצאה מכך דפוסי העניין להפוך לפירוש רב תוך שימוש בכלי הדמיה גרפיים. דפוסי הריבית עשוי להיות גנים "פגע וברח" אשר משפיעים על המערכת הביולוגית למשך פרק זמן מסוים בלבד, או גנים מעורבים לאורך כל תהליך. BAM חל multigroup עיצובים ניסיוניים, כגון נתונים שנאספו במשך בשלבים שונים של המחלה. יישומים אחרים כוללים זמן ביטוי גני פרופילים לנתון זמן כמובן, איתור קיצון, נורמליזצית סט משתנית, גני אטלס transcriptome מיפויים, כמו גם, ובעיות רבות אחרות. תכונות עיקריות: BAMarray הוא יישום Java ידידותי למשתמש שרץ על מערכות הפעלה שונות. BAMarray ניתן גם לפעול ללא התערבות במצב אצווה ביוזמת קובץ סקריפט. מצב אצווה יכול לעבד קבצי נתונים מספר ברצף ולשמור הניתוח המתקבל לדיסק. סקריפטים אישית מעוצבים כתיבה לאפשר למשתמשים להתממשק עם סוגים שונים של תוכנות, כגון BioConductor, ו- R. BAMarray יש תכונת הפעלה שמור המאפשרת למשתמשים לשמור את התוצאות של ריצה עבור אחזור מאוחרות יותר. ריצה שיכול לקחת דקות כדי לבצע ניתן לשחזר בתוך שניות בלבד באמצעות שחזור הפעלה. שמור הפעלה יכול גם להיות מופעלות במצב אצווה. ניסיוני עיצובים עם קבוצות בלתי מוגבל יוכלו ללון. חלקות ויזואליזציה זמינות לזיהוי סוגים ספציפיים של דפוסי גן. BAMarray מסווגת באופן אוטומטי גנים לתוך דפוסי גן. BAMarray היא כמעט אוטומטית, וללא פרמטרים כוונון מסובך. שיטות סטטיסטיות רוב דורשים המשתמש שצוין סינון ערך לזיהוי גנים משמעותיים. BAMarray מספק ערך אוטומטי. שוויוני משונויות ברחבי גנים וקבוצות ניסיוני מטופלות באופן שיטתי על ידי צעד העיבוד-מראש אוטומטי שאיננו לצנן מלאכותי או להגביר הבדלים בין קבוצות ברחבי גנים (כפי שניתן לראות עם טרנספורמציות אחרים, כגון לוגריתמים). כלים גרפיים באמצעות זום-אין ואת lassoing לאפשר למשתמשים ליצור רשימות של גנים באופן אינטראקטיבי. תוויות ג'ין ניתן toggled או ביטול המאפשר גנים של עניין להיות מזוהים בקלות. גנים ספציפיים יכולים להיות מודגשים באמצעות רשימה נפתחת או על ידי אכלוס רשימת מעקב מן תוויות גן נמצאה קובץ קיים. רשימות ג'ין ניתן לייצא. רשימות יצוא יכולות להיות אוטומטיים באמצעות מצב יצווה. דמויות ניתן לשמור כמו גרפיקה צבעונית באיכות הפרסום. מגרשים לבדיקת הנחות היסוד של המודל כלולים כחלק מחבילת הגרפיקה. תומך JRE 6.

Bamarray תוכנה קשורה