BN-BS. אומדן סניף אורכים במונחים של תחליפים נרדפים ושמותים
הורד עכשיו

BN-BS. דירוג וסיכום

BN-BS. תגים

לְהַעֲרִיך אוּמדָן איחוד סניף ענף אסטרטגיית ענף סניף ActiveX. השוואה סניף שיעור nonsynonynymous מרחק נרדף מרחק לא נרדף מרחק nonsynonymous רדיקלי נרדף חילוף תחליף nonsynonymous אומדן אורך הענף אורך סניף קוד ענף סניף קוד סניף הספרייה גישה לענף נִרדָף

BN-BS. תיאור

יישום BN-BS פותחה לאמידת אומנות סניף במונחים של תחלויות נרדפות וחסרות לא-נימוניות לכל אתר, בעוד טופולוגיית העץ ניתנת. התוכנית משתמשת בשיטת Nei-Gojobori שונה כדי להעריך מרחקים נרדפים וחסרי נשימה, בקרב רצפים הנוכחיים ולאחר מכן מעריך את אורך הענף והשונות שלהם באמצעות השיטה הרגילה לפחות ריבועים. כדי להשתמש בתוכנית, אתה צריך קובץ קלט המכיל את החלבון קידוד רצפים DNA (ראה זיהום עבור דוגמה). קובץ זה מתחיל עם שני מספרים: מספר רצפים ומספר נוקליאוטידים לכל רצף (אורך רצף). השורה השנייה תהיה שם הרצף הראשון, והקו השלישי יהיה הרצף הראשון, וכן הלאה. רק A, G, C, T, A, G, C, ו- T מותרים ברצפים. יש להסיר פערים ורצפים יש מיושר מראש. השורה האחרונה של הקובץ היא טופולוגיית עץ של רצפים. פורמט העץ הוא זהה לזה בשימוש בחבילת Phylip (Felsenstein 1995). שים לב כי העץ הוא unrroated, ולכן הפעלת ולא בתוספת נדרשת עבור הצומת העמוק ביותר

BN-BS. תוכנה קשורה