פריסת

חלבון שאריות ביאור ערכת כלים
הורד עכשיו

פריסת דירוג וסיכום

פרסומת

  • Rating:
  • רישיון:
  • Freeware
  • שם המפרסם:
  • Huzefa Rangwala
  • מערכות הפעלה:
  • Windows All
  • גודל הקובץ:
  • 363 KB

פריסת תגים


פריסת תיאור

Toolkit פרוסטט פותחה כדי להיות קבוצה של תוכניות המאפשרות בניית מודלים מבוססי SVM עבור annotating חומצות אמינו שאריות רצפים חלבון באמצעות תכונות שסופקו של המשתמש (כמו פרופילים PSI-BLACK, או פרופילים PSIPRED). בפרט, Toolkit בונה תכונות באמצעות חלון סביב שאריות, והוא מצויד פונקציה קרנל מיוחדת (מנורמל הזמנה שנייה מנורע מזרחי פונקציה NSOE) יחד עם תקן SVM ליבה פונקציה. Prosat_Learn היא התוכנית ללמוד "n" אחד לעומת מנוחה מודלים סיווג, שם n הם מספר אפשרי של ההערות. זה יכול גם ללמוד מודל רגרסיה וקטור תמיכה כדי לחזות ערך נקודה צף. שימוש Prosat_Learn Prosat_Predict היא התוכנית לחזות את ההערה עבור כל שאריות מודלים מובנים, ו פלט פרופיל L XN, פלט את הציון מכל אחד n לעומת אחד לעומת- מנוחה מודלים SVM עבור כל שאריות חומצות אמינו ואני אורך של רצף החלבון. במקרה של מודל רגרסיה, n = 1. שימוש Prosat_Predict. קלט Prosat_predict יש שלושה פרמטרים נדרשים: - קובץ הבדיקה: קובץ הבדיקה מספק את רשימת תכונות רצף שעבורו אנו צריכים לחזות את פרופילי ההערות. זה דומה לקובץ הקלט המשמש prosat_learn, אלא שהוא אינו מכיל את שמות קבצי ההערות האמיתית, שכן אנו צופים אותו. - קובץ מודל: קובץ המודל הוא קובץ המודל של Prosat_Learn - קובץ חיזוי: קובץ החיזוי מספק את הנתיב ואת הקידומת של תחזיות הפלט בצורה של פרופילי ביאור. פלט התפוקה מורכבת ממערכת של הערות ופרופילים חזויים, שאינם אלא תחזיות SVM מכל אחד מודלים SVM "NUM אלמנט".


פריסת תוכנה קשורה