פרוטומול מסגרת עבור סימולציות דינמיקה מולקולרית.
הורד עכשיו

פרוטומול דירוג וסיכום

פרוטומול תגים

סימולציה לְחַקוֹת מַדמֶה מולקולרי דעיכת Dynamics נוף מולקולרי חבילת דינמיקה מולקולרית רשתות אינטראקולריות מולקולריות ויזואליזציה מולקולרית עורך מולקולרי כרייה מולקולרית סימולציה דינמיקה מולקולרית מסגרת ביו-אינפורמטיבית קובץ מסלול DCD לדמות דינמיקה מולקולרית קוטר מולקולרי סימולציה מולקולרית מערכת מולקולרית מצא תת המשתה המולקולרי דינמיקה מולקולרית הנפשת מסלול מולקולרי מנתח דינמיקה מולקולארית פילוגני מולקולרית ללמוד דינמיקה מולקולרית מולקולרית phylogenetics. סימולציות סימולציות תוכנה

פרוטומול תיאור

Protomol הוא שימושי עצמים מוכווני, רכיב מבוסס, מסגרת שתוכננה במיוחד עבור סימולציות דינמיקה מולקולרית (MD). המסגרת תומכת בשדות Charmm 19 ו- 28A2, והוא מסוגל לעבד קבצי PDB, PSF, XYZ ו- DCD. הוא מיועד לגמישות גבוהה, הרחבה קלה ותחזוקה, ודרישות ביצועים גבוהים, כולל הטבה. הטכניקה של צעד זמן רב משמש כדי לשפר את יעילות לטווח ארוך. השימוש בהערכת כוח אלקטרוסטטית מהירה אלגוריתמים כמו EWALD, MESH חלקיקים EWALD (PME), ואת multigrid (MG) סיכום משפר עוד יותר את הביצועים. צעדים ארוכים יותר אפשריים באמצעות מולי, Langevin מולי והיברידית מונטה קרלו, האף הובר, אינטגרטורים Langevin. תכונות עיקריות: מסגרת מבוססת רכיב מונחה אובייקט עבור סימולציות דינמיקה מולקולרית תוכנן עבור גמישות גבוהה, הרחבה קלה ותחזוקה, ודרישות ביצועים גבוהים מקביל מצטבר המשלב סביבה רציפה ומקבילה תמיכה גנרית מספר רב של שילוב שילוב כוחות גנריים ופוטנציאל מהיר כוח אלקטרוסטטי הערכה אלגוריתמים: יוואלד סיכום, O (n3 / 2) חלקיקים- Mesh-Ewald, O (n יומן n) שיטת רשת רב, O (n) תמיכה של פורמטים משותפים I / O (מראש ואחרי עיבוד) 106 מערכות החלקיקים

פרוטומול תוכנה קשורה