פֶּחָם כלי קטן לחישוב העץ הגן הסתברויות
הורד עכשיו

פֶּחָם דירוג וסיכום

פֶּחָם תגים

נוּסחָה טופולוגיה גֵן מחשבון הכחדה פחם צמיחת צריכה הכחדה פחם שקר אלגברה הכלי שקר אלגברה עץ הגן

פֶּחָם תיאור

תוכנית פחם פותחה כדי להיות כלי קטן עבור מחשוב גן העץ הסתברויות ודימוי עצי גנים בעצי מינים תחת מודל Coalection. תכונות עיקריות: מחשבת ההסתברויות של טופולוגיות עץ הגן בהתחשב בעץ מינים קבועים עם אורכי ענף שצוין ביחידות Coalection (מספר דורות מחולקים פי שניים בגודל האוכלוסייה האפקטיבית). שני העצים להניח להיות bifurcating, אם כי מינים עץ סניף אורך ניתן להגדיר לאפס כדי לעקוף את זה. מספר (או אפס) אנשים שנדגמו בתוך מינים מותר, אבל את הסימון הוא ספציפי; תוויות עבור אנשים צריכים להיות שם המינים ואחריו מקף, ולאחר מכן מספר. לדוגמה, אם A הוא שם מינים, ולאחר מכן גנים שנדגמו מ צריך להיקרא A-1, A-2, וכו ' ישנם שלושה קבצי קלט: קובץ עץ מינים עם עצים מינים בפורמט Newick; קובץ עץ גנים, עם עצי גנים בפורמט ניויק; ואת קובץ קלט עם פקודות כולל שמות של מיני קבצי עץ גנים, מספר המסה, ואת האפשרויות עבור פלט. אפשרויות פלט לאפשר היסטוריות קשורות להיות רשומים או לא. אם כן, נוסחאות סמליות עבור הסתברויות עץ גנים ניתן לתת במונחים של P_ {UV} תנאים (ראה נייר). אפשרויות אחרות כוללות הדפסת טופולוגיית עץ הגן, מחשוב הסתברויות מצטברות לעצי גנים בתוך כל עץ מינים, וספירה את מספר ההיסטוריה הקלושות. עיין בקובץ העזרה עבור אפשרויות שונות. עצי גנים ניתן לדמיין בתוך עצים מינים. כרגע זה מוגבל לגן אחד לכל מקרה מינים דורש גדלים אוכלוסייה מתמדת בעץ המינים. עצי הגן נוצרים כך שהתקרבות מסובבים באופן ייחודי. לדוגמה, אם (A, B), ג) היא תת-קרקע, (C, (A, B) לא יופעלו.

פֶּחָם תוכנה קשורה