 | עיקרוןכלי ליצירת ספקטרום contig |
| הורד עכשיו | |
עיקרון דירוג וסיכום
פרסומת
עיקרון תגים
עיקרון תיאור
מעגלים, הידוע גם בשם, שליטה במחקר על הספקטרום contig) נוצר על מנת ליצור ספקטרום contig כי מבוסס על הרכבה של תת ספרים אקראיים של metagenomes. הספקטרה contig אז יכול להיות מודל במורד הזרם כדי לקבל מערכות גיוון (למשל עם phaccs). סוג שונה של הספקטרום contig יכול להיווצר: ספקטרום סטנדרטי קונטגרום עבור אלפא מגוון, ספקטרום contig מעורב, עבור גמא- diversity, ואת הספקטרום cross-contig, עבור גיוון בטא. בניית ספקטרום cross-contig דורש בניית ספקטרום מעורב, אשר דורש בניין רגיל contig ספקטרום מבוסס על מספר metagenomes נבחרים (Fasta קבצים). מחליק משתמש במסד נתונים רצף באינדקס לאחסון נתונים זמניים. כל תוכנית הרכבה התומכת באורך חפיפה מינימלי ודמיון מותאמת; בשלב זה, מינימו, אסמבלר Tigr, אסמבלר LIGR, CAP3 ו Newbler נתמכים. כאשר חזרות מרובות נעשות (Bootstrapping), ספקטרום Contig הממוצע הוא מְחוֹשָׁב. המשתמש יכול לשלוט בגודל של רצפים על ידי זמירה אותם אורך נתון והסרת רצפים קטנים מסף.
עיקרון תוכנה קשורה
