 | נווטחלבון חלבון אינטראקציה רשתות ויזואליזציה תוכנה. |
| הורד עכשיו | |
נווט דירוג וסיכום
פרסומת
נווט תגים
נווט תיאור
Navigator הוא שימושי, קל לשימוש יישום תוכנן במיוחד כדי לעזור לך לדמיין ולנתח רשתות חלבון חלבון רשתות. Navigator יכול שאילתה OPHID / I2D - מסדי נתונים מקוונים של נתוני אינטראקציה - ותצוגה רשתות ב 2D או 3D. כדי לשפר את יכולת ההרחבה והביצועים, Navigator משלב Java עם OpenGL כדי לספק מערכת הדמיה דו-ממדית / 3D על פלטפורמות חומרה מרובות. כלי זה מספק גם יכולות אנליטיות ותומך בפורמטים סטנדרטיים ייבוא וייצוא כגון Go ו- Proteomics Standards יוזמה (PSI). תכונות עיקריות: Navigator משלבת מערכת הדמיה מיושמת ב- OpenGL עם ממשק משתמש גרפי ואלגוריתמים אנליטיים המיושמים ב- Java. ניתן לטעון מקובץ (Tab-Dishigated, XML XML, Biopax או פורמטים PSI), או יכול להיות שנוצר באופן דינמי על ידי ביצוע שאילתה חזותית ל- OPHID / I2D (מסד נתונים אינטראקציה אינטראקציה - מסד נתונים מקוון של ידוע, HTP, וחזה חלבון חלבון אינטראקציות עבור אדם, חולדה, עכבר, לטוס, תולעת, שמרים) או cath. סביבת העבודה של Navigator תומכת בלוחות רשת מרובים אשר ניתן מניפולציה על ידי חיתוך, העתקה והדבקה צמתים ושוליים. רשתות ניתן לייצא ב XML מופרד, Navigator XML, PSI, או Pajek פורמטים, ופורמטים גרפיים מרובים (BMP, JPG, TIFF, SVG, PDF). רשתות ניתן לצפות ב 2D ו 3D. צמתים ניתן למקם באמצעות תערובת של פריסה מכוונת כוח אוטומטי ומיקום ידני. אחד האלגוריתמים האוטומטיים של הפריסה המשמשת היא אלגוריתם פריסה רב-תכליתית של כוחות רווחית בשם אחיזה (ציור גרף עם מיקום אינטליגנטי) . בגלל המורכבות של זמן ליניארי כמעט של אחיזה, Navigator יכול לדמיין אינטראקטיות מלאות מ I2D. subnetworks כי הם מאוד מחוברים, וצמתים כי הם רכזות (כלומר אינטראקציה עם צמתים רבים אחרים), ניתן לזהות באופן אוטומטי לניתוח סיוע. קבוצות של צמתים ניתן לקרוס לתוך צמתים מרוכבים, או באופן ידני, או בצורה אוטומטית. Subsets של רשת יכול להיות מסומן ומניפולציה באמצעות פעולות סטנדרטיות להגדיר, כגון האיחוד, צומת והבדל. ניתן להתאים את האטימות של צמתים ושוליים כדי לשנות את הניגודיות של אלמנטים ברשת ולהדגיש אלמנטים נבחרים.
נווט תוכנה קשורה
