מסד נתונים WPDB

לנתח 3D מבנה של macromolecules ביולוגי מהיר וקל.
הורד עכשיו

מסד נתונים WPDB דירוג וסיכום

פרסומת

  • Rating:
  • רישיון:
  • Freeware
  • שם המפרסם:
  • Ilya Shindyalov & Phil Bourne
  • מערכות הפעלה:
  • Windows All
  • גודל הקובץ:
  • 255 KB

מסד נתונים WPDB תגים


מסד נתונים WPDB תיאור

WPDB מסד נתונים הוא שימושי, קל לשימוש בכלי שתוכנן במיוחד כדי לעזור לך לחקור את המבנה תלת מימדי של macromolecules ביולוגיים כפי שנמצא בבנק נתונים חלבון (PDB) באמצעות שאילתה וכלים להציג כמו אלה המוצגים לעיל. תכונות עיקריות: Scientific: מצא מבנים המבוססים על חיפוש טקסט ורצפים (mismatches מותר). רצף רצף של רצף אחד נגד רצפי יעד מרובים על פי שיטת הציוד והוונש (JMB 48 (3): 443-453, 1970). מבנה SuperPition באמצעות עמדות קליפה על פי השיטה של Hendrickson (Acta Crysta35: 158-163, 1979. משימות מבנה משני בהתאם לשיטתו של KABSCH ו SANDER. חומצת אמינו ניתוח נכס ניתוח, הן סטטי ודינמי: סטטי לפי הערכים שנערכו על ידי Bogardt et al; חשיפה דינמית, ממוצעת על פי לי וריצ'רדס (JMB 55: 379-400, 1971) וטיפוחי B ניסיוני עבור שרשרת פוליפפטיד אחת או פרופילים לשני רשתות פוליפפטידים מיושרים. צור קשר מפת ניתוח במרחקים שונים לחתוך ועם קבוצות אטום שונות במבני אנשי קשר או מבנים מלאים (מפות קשר ההבדל) ניתן לבחון. צפייה טיפוסית 3-D ועיבוד, כולל אפשרויות להצגה או להדגיש תלבושות, ייצוג CPK, סטריאו, משטחים פשוטים (צבעוניים המבוססים על מרחק מהמשתמש). חישוב הגיאומטריה (אורך אג"ח, זוויות בונד, זוויות דיהדרל, אנשי קשר לא מלוכדים) כולל ייצוג גרפי וסטיות מרחקים מולקולה קטנה. מחשוב: דחיסת נתונים - כ -20 קיפול הפחתה אחסון על הפצת קובץ ה- PDB ASCII, אך עם: (i) מידע ביבליוגרפי מוגבלת למחבר ו Records JRNL; (ii) אופציונלי הראשון או כל חברי האנסמבל של NMR או מבנים מודל הכלולים; (iii) רק ההתאמה החלופית הראשונה כהגדרתה בקובץ PDB לחלקים של מבנה גביש עם תושבות חלקיות; (IV) קואורדינטות אטומית מעוגלות ל -2 ולא 3 מקומות עשרוניים; (V) לא רשומות הערה PDB. אובייקטים תצוגה אינדיבציונליים - כאשר תכונה נבחרת באובייקט תצוגה אחת (E.GA יצירת קשר), כל שאר אובייקטים תצוגה גלוי (E.G3-D Viewer) ואלה שהופעלו לאחר מכן, מתעדכנים גם כדי להמחיש תכונה זו . גישה ישירה Raswin תוכנית תצוגה מולקולרית פופולרית. מסונכרן תיעוד מודפס והקשר רגיש העזרה שנוצרו באמצעות חבילת DOCTOHELP.


מסד נתונים WPDB תוכנה קשורה

Padel-add.

תוכנה לביצוע סינון וירטואלי באמצעות וינה AutoDock ...

111 10 MB

הורד