 | מֶלתוכנית מחשב המבצעת את הולם של מודל speciation |
| הורד עכשיו | |
מֶל דירוג וסיכום
פרסומת
מֶל תגים
מֶל תיאור
WH פותחה כדי להיות תוכנית מחשב שמבצעת את התאמת מודל התפצלות, ובדיקות וכל הענינים של איכות ההתאמה של מודל זה. מודל ההתפצלות נקרא בידוד הדגם, והוא אחד ללא זרימת גנים. עם נתוני רצף DNA השוואתיים מכול אחת משני מינים קרובים, השיטה מאפשרת הערכה של הזמן מאז התפצלות ואת הגודל של מין האבות. מודל הבידוד מניח את הדברים הבאים: - שני מינים, או אוכלוסיות, שממנו נתון כבר שנדגמו, נבעו זן אבות יחיד, או אוכלוסייה, זמן, דורות t, בעבר. - מין האבות המשותף, או האוכלוסייה הייתה של NA גודל אפקטיבי מתמיד. - שני מיני הצאצא (האוכלוסיות) יש בגדלים יעילים מתמיד N1 ו N2, בהתאמה. - למעט רגע של הפרדה האוכלוסייה בזמן t, גודל האוכלוסייה הם קבועים. - מאז פרידת אוכלוסייה, אין זרימת גני אפס בין המינים (אוכלוסיות). - כול המוטציות הן ניטראליות. קובץ תוכנית צריך להימצא גם באותה תיקייה כמו קובץ נתון או בתיקיית חיפוש באופן אוטומטי על ידי מערכת ההפעלה. התוכנית ניתן להפעיל באמצעות פרמטרים של שורת הפקודה, או פשוט על ידי הקלדת שם של תוכנית ( "ש"ש"). אם הפרמטרים של שורת הפקודה אינם משמשים, התוכנית מבקשת את ערכי הפרמטרים ריצה. המשתמש מתחיל את התוכנית פשוט על ידי לחיצה על התיקייה שבה קובץ נתונים קיים להקליד את שם התוכנית (למשל, "אתרים") ואחריו מקש Enter. התוכנית שואל כמה שאלות לגבי קובץ הנתונים ואת הניתוח הרצוי. כמעט כל פקודות ואפשרויות יכול גם להזין באמצעות פרמטרים של שורת הפקודה. התוכנית ניתן להתחיל עם או ללא שימוש בהוראות בשורת הפקודה. בלי הוראות שורת הפקודה - פשוט להקליד "ש"ש" בשורת. תוכנית תבקש מידע בסיסי. ביום PowerPC, לחיצה על סמל התוכנית פותחת חלון קטן שבו הפרמטרים של שורת הפקודה יכול להיות נכנסו. המשתמש יכול גם פשוט להכות החזרה בנקודה זו והתכנית תבקש פרמטרי ריצה. שורת הפקודה פרמטרים: הקלד וזן ש"ש -d'datafilename '-r'resultsfilename' -N'numsims' -L'ldtype '-A'ranseed' איפה: "Datafilename" הוא שמו של קובץ הנתונים שנמצא באותה תיקייה כמו תוכנית "Resultsfilename" הוא השם של הקובץ שייווצר להכיל את התוצאות. קובץ תוצאות יופק עם סיומת של ".wh" "Numsims" הוא מספר שלם של מספר סימולציות שיופעל. מתאים מודל בסיסי אינו מחייב סימולציות. אם ערך זה אינו אפס או ריק, קובץ הנתונים חייב את המידע הדרוש על שיעורי רקומבינציה. "Ldtype" מספר את התוכנית איזה סוג של ערך איזון הצמדה לחשב. אפשרות זו דורשת סימולציות להיעשות, וכי את קובץ הנתונים כוללים מידע על רקומבינציה וערכים LD הנצפה. "Ldtype" חייב להתאים מידה של חוסר שיווי משקל הצמדה השתמשו כדי ליצור את קובץ נתונים. "Ldtype" יכול לקחת על עצמו את הערכים הבאים: "ר" מפעיל את מקדם המתאם "S" מפעיל r ^ 2, ריבוע מקדם המתאם "ד" מפעיל את D מיידה disequilibrium gametic הבסיסי "P" מפעיל את D" אשר שווה D / DMAX, שבו DMAX הוא הערך המרבי האפשרי של D בהתחשב תדרי אלל הנצפים. ב 'מפעיל את הערך המוחלט של D, | ד | "Ranseed" הוא זרע מספר אקראי אינו נדרש בדרך כלל, אלא אם המשתמש רוצה לחזור על סימולציות בדיוק.
מֶל תוכנה קשורה
