 | חקהתוכנית מחשב המבצעת את הבדיקה הסטטיסטית הנפוצה |
| הורד עכשיו | |
חקה דירוג וסיכום
פרסומת
חקה תגים
חקה תיאור
HKA פותחה כדי להיות תוכנית מחשב המבצעת את הבדיקה הסטטיסטית הנפוצה לבחירה טבעית שפותחה על ידי הדסון, RR, מ 'קרייטמן ומ'א' אגואדה (1987 מבחן של אבולוציה מולקולרית נייטרלית המבוססת על נתוני נוקליאוטידים. גנטיקה 116: 153-159). תוכנית זו יכולה להתמודד עם מספר גדול מאוד של Loci ו בגדלים לדוגמה, ומבצעת בדיקות באמצעות סימולציה קליפת, כמו גם על ידי קירוב כיכר Chi קונבנציונאלי. סימולציות יכולות לשמש גם כדי לבצע בדיקות אחרות של בחירה טבעית, כולל בדיקות של סטטיסטיקת D טג'ימה (1989) ו- D סטטיסטיקה של פו ולי (1993). מבחן HKA מבוסס על התחזית הבסיסית ביותר של המודל הנייטרלי של האבולוציה המולקולרית, כי רצף DNA פולימורפיזם בתוך מין, ו dna רצף סטייה בין מינים, יהיה פרופורציונלי לשיעור מוטציה נייטרלי, 1969). לציפיות בסיסיות זו עלינו להוסיף כי פולימורפיזם תלוי גם בגודל האוכלוסייה האפקטיבי, וכי סטייה גם תלוי בזמן מאז speciation. כאשר אנו רואים נתונים שנאספו משני מינים, ומספר Loci, אנו מצפים כי כל loci בתוך מין יהיה לחלוק את גודל האוכלוסייה יעיל, ואנו מצפים כי כל locus, ללא קשר למינים, יהיה שיעור מוטציה נייטרלי אופייני (בהתאם לאורך שלה ורמת אילוץ סלקטיבי). לכן אנו יכולים לשקול נתונים על פולימורפיזם ושל סטייה יצוק בצורה של טבלת מגירה (איור 1). אנו יכולים גם לבנות טבלה דומה של הערכים הצפויים, כל פונקציה של הפרמטרים המודל הבסיסי שמתאים לנתונים. פרמטרים אלה הם: T - הזמן מאז המינים סטייה F - היחס בין שני המינים גדלים האוכלוסייה האפקטיבית. Theta_i = 4N1 U_I - שיעור מוטציה של האוכלוסין עבור Locus אני במינים 1, שם N1 - גודל האוכלוסייה האפקטיבית של מינים 1 ו U_I הוא קצב מוטציה נייטרלי ב Locus i. יש פרמטר תטא אחד לכל locus.
חקה תוכנה קשורה
