ערכת פיתוח הכימיה הורדה חינם , הורדה ערכת פיתוח הכימיה בהורדת תוכנה

ספריית קוד פתוח Java עבור כימיה חישובית ערכת פיתוח כימיה (CDK) היא ספריית ג'אווה עבור ביו ו כימואינפורמטיקה וכימיה חישובית. ערכת פיתוח כימיה היא הבסיס של פרויקטים אחרים כמו JChemPaint, סנקה, Jmol, ו NMRShiftDB. דרישות: · ג 'אווה מה חדש במהדורה זו: · שם פרמטר קבוע · עודכן יעד makefp3d לעבודה עם מערכת ה- Build הנוכחית · הגדרת ענף לשחרור 1.2.4 · תיקוני באגים 2898399. עדכוני מנתח SMARTS לטפל התאמה ראויה מימנים מפורשים (כולל H, 1H, 2H ו 3H). SMARTSQueryVisitor מעודכנת לקחת בחשבון איזוטופים שונים של בדיקות יחידות ח מעודכן גם לקחת לתוך התאמת H הכספית תקינה. נוסף מבחן יחידת התאמת H בדיקה נוספת. · נוסף בדיקות כדי להתאים מימנים · עיבדה את הבדיקות עבור Javadocs באג 2898032. עודכן עבור גנרטור חיוכים · בדיקה יחידה נוספת כדי לאשר המחאה על באג 2898032 · עודכן UIT לטפל שאילתה אטום יחידות והוסיף מבחן יחיד עבור באג 2888845. כמו כן עודכן Javadocs להתנהגות פתק במיוחד של שאילתה אטום בודדות · דור נוסף של צנצנות המקור של ג'אווה · קבוע matchers לאפשר XML בלי קווים חדשים (סוגר # 2,832,835) · נוסף בדיקות יחידות עבור זיהוי של קבצי XML PubChem. · בדיקות יחידת חלף, כי אין אירועי שינוי העבירו בכלל עבור הטמעות ממשק NoNotification · בדיקות יחידות חסרות נוספות עבור התפשטות אירוע IChemModel עבור שדה ICrystal · התפשטות קבוע של אירועי שינוי IChemModel כאשר שינויים מבוצעים IChemObjects ילד · בדיקות יחידה תוקן: IChemModel.setFoo (null) צריך באמת לתת לאירוע השינוי על המאזין של IChemModel, ולא אחרי מבטל את הרישום של האובייקט Foo. · נוסף בדיקה יחידה לפונקציה של הגדרת IO החדשה לכפות 2D לתאם פלט. · אפשרות IO סופר נוספה בכתב כוח של קואורדינטות 2D אם קואורדינטות 3D נוכחות מדי, אשר כעת רצוי הם ישודרו. · בדיקה יחידה נוספת כדי לאמת אם קואורדינטות 2D and 3D זמינות, 3D הקואורדינטות הם ישודרו. · קבוע Taglets: רק לחזור HTML אם התגית באמת נתון; שיטת toString () ניתנת עבור כל המקרים, לא רק כאשר תג נמצא · Fixeda באג שגרם חלקים שונים של DescriptorEngine להיכשל - זה היה מנסה מופע בכיתה הלא מתאר אשר קורה נמצאים בספריה החבילה מתאר. תיקון זה הוא kludgy קצת - אידיאלי מתארים רק צריכים להיות בספרייה כי · תיקוני ClassCastException כאשר לא IMolecule · משודרגת PMD 2.4.5 עם תיקוני באגים רבים, מתן דוחות שגיאה מדויקים יותר · נוסף תלות חסרה על-diff CDK, בשימוש באחד הבדיקות היחידות · שמות שיטות קבוע כדי להתאים לאלו בכיתת המבחן · שם שיטת בדיקה קבוע כדי להתאים את הדפוסים צפוי, תיקון מבחן כיסוי להיכשל · הוסר קוד כפול: MolecularFormulaTest כעת מרחיב AbstractMolecularFormulaTest · ביאור שיטת בדיקה קבוע כדי להצביע על השיטה התקינה · ביאור @TestMethod חסר נוסף · מודולים הוסיף כי נעדרו בדיקות PMD · מודולים הוסיף כי נעדרו בדיקות doccheck · תיקון עבור 2843445. מטרות באג לדור לתקן של קואורדינטות NaN ידי SDG · תקן הבדיקה היחידה כדי לא לתת "קלט חייב לתמוך סימן" יוצא מן הכלל על פלטפורמות מסוימות, על ידי עטיפת InputStream בתוך BufferedInputStream. · תלות חסר נוסף · נוסף ioformats כדי מודולים מבחן · השתמש StringBuilder לצבירת נתון בשטח, אשר נותן דחיפה עצום בביצועים עבור קובץ SD שבו נתון שדה מרובים נמצאים. · השתמש StringBuilder לצבירת הנתונים בשטח, אשר נותן דחיפה עצום בביצועים עבור קובץ SD איפה רבה נתוני שדה, כמו ChEBI_complete.sdf · בחשבון את השלבים קריאים בלוק הנתונים בקובץ SD · גרסה שחוקה, כדי להבהיר שזה לא שחרור 1.2.3 · קבוע רישום על תג cdk.threadnonsage (סוגר # 2,796,362) · הוסר דפוס מיושן מתג svnrev הישן · קבוע Javadoc להסיר עקבות של תג svnrev הישן · הודעה חריגה מסונכרנת עם יישום (תיקוני # 2,844,333) · ככל פאולינג אלקטרונגטיביות מועתקת ב configure גם כן. אני לא רואה למה לא להעתיק את כל מה שיש לנו. · ביאור באג נוסף · במקרה מבחן עבור באג # 2846213 · קבוע תפיסת N.planar3 שבו N.sp2 זוהה, על ידי החברה תוך התחשבות ספירת מימן נתון. · קבוע התפיסה של בנזן עם כל האג"ח יחיד, אלא מימן לספור 1 ואיגרות חוב מסומן ארומטיים. במקרה זה, את הסוג הוא C.sp2 לא C.sp3. · נוסף טענות כדי הבדיקה היחידה עבור ערכים להיות לא null · נוסף שתי בדיקות יחידות עבור אותה הבעיה: סוגים אטום הפחמן איננו נתפסים בצורה נכונה אם מידע סדר קשר בודד בלבד, וספירת מימן דגל ארומטיות מוגדרת. · הועברה בכיתה לתוך חבילת org.openscience.cdk, אשר נראתה לעבוד עכשיו. אני תמה מדוע לא היו דברים מעולם. בדיקה יחידה מספר נפתר נכשלה. · סניף לאחד את '-1.2.x CDK' של ssh: //egonw@cdk.git.sourceforge.net/gitroot/cdk לתוך CDK-1.2.x · חתומות צנצנת XOM לאפשר בעל CustomSerializer · קבוע שגיאה Javadocs · קבוע תג Javadoc שגוי. כמו כן הוסרו תג SVN בקובץ JJT מנתח SMARTS, החליף עם תג Git · נוספה תמיכה עבור "של enum הציבור · באג תוקן ב bondtools.isStereo (מיכל IAtomContainer, IAtom stereoAtom). השוואה של סימנים אטום בתוך לולאה מקוננת הייתה באמצעות הדלפק של הלולאה החיצונית פעמים. הערה זה עבד לפני, כי יש מעין שחזור למספרי מורגן. שחזור ל- מורגן (תיקוני # 2,830,287) · הוסיף בדיקה חדשה עבור bondtools · חוסר העקביות קבוע בין מקבלת () ולכתוב: גם לתמוך בכתיבה של IAtomContainerSet ו IAtomContainer כפי מקבלת () מציין (תיקוני # 2,827,745) · מבחן כללי לבדיקת עקביות בין כתיבה () ומקבל (), ובדיקה שכל של המקובל IChemObject יכול גם להיכתב · בדיקה יחידה נוספת עבור באג # 2826961: הקלדה אטום עקבית עבור שני חיוכים. מבחן יחיד אינו מראה להיכשל, פוסלי באג CDK · שגוי סר זורק משפט · באג מצא חישוב המסה המדויקת נתון נוסחא מולקולרית כאשר הוא טעון שלילי. · קבוע קריאה של CDK / dict / נתונים / מסד elements.owl הנמצא כעת OWL · תוקנה הבעיה 2458210: שימוש assertNotNull (foo) וכו במקום assertTrue (foo = null!). · ושווי מינימלי נוסף עבור BondManipulator.getMaximumBondOrder () שיטות · תיקונים טוענים: לאחר הסרה * ללא שינוי * יש לתעד · אפשרות IO נוסף כדי גנרטור השבת של דוחות הצהרת XML ב- CML פלט. · נוסף הגנריקה, ו consistified קוד תמיד באמצעות חזרת רשימה באותו "?". (וכמה 80 תיקונים תווים ב JavaDocs.) · נוסף בדיקות יחידת מבחן שכאשר הסט הוסרה מן ChemModel, את ChemModel צריך לבטל את הרישום כפי מאזין. · בדיקות יחידה נוספת לריבוי אירוע מן מגדיר ChemModel. · בדיקות נוספות של דגלים. · תקן עבור עבודה id זוטר: שיטות הבדיקה צריכה לזרוק רק חריג אחד. · קבוע יבוא חסר עטוף כדי 80 תווים Better excpetion טיפול ב builder3d: · בהמשכים קבוע של IAtom זה עם מטען פורמלי null כדי לא לגרום NullPointerExceptions · בדיקה יחידה נוספת עבור בהמשכים של אישומים רשמיים null לפורמט molfile MDL (אשר כרגע לא מצליח) · עודכן Javadocs עבור כלי שאילתה SMARTS כדי לציין תכונות שאינן נתמכות · אם ינקה קובץ המקור כדי להסיר קצות קו מזויף

ערכת פיתוח הכימיה תוכנה קשורה