ביו :: גרפיקה יצירת תמונות ביו :: חפצי SEQ
הורד עכשיו

ביו :: גרפיקה דירוג וסיכום

ביו :: גרפיקה תגים

פרל מודול perl תמונות Gd תמונות GD

ביו :: גרפיקה תיאור

ליצור תמונות ביו :: חפצים SEQ ביו :: גרפיקה היא מודול Perl כדי ליצור תמונות אלוקים של ביו :: אובייקט SEQ.Synopsis # סקריפט זה מייצר תמונה PNG של אזור 10k המכיל # קבוצה של תכונות אדומות קבוצה של תכונות כחולות. התקשר לזה ככה: # Red_and_blue.pl> RedBlue.png # אתה יכול כעת להציג את התמונה עם יישום התמונה המועדף עליך # סקריפט זה מנתח קובץ Genbank או EMBL בשם הפקודה # קו ומייצרת עיבוד PNG של זה. התקשר לזה כך: # Render.pl my_file.embl תצוגה - השתמש קפדנית; השתמש ביו :: גרפיקה; השתמש ביו :: Seqio; שלי $ file = Shift או למות "לספק קובץ רצף כמו הטיעון"; שלי $ io = ביו :: Seqio-> חדש (-File => $ קובץ) או למות "לא יכול ליצור ביו :: Seqio"; $ $ SEQ = IO-> Next_SEQ או למות "לא יכול למצוא רצף בקובץ"; @Features שלי = $ seq-> all_seqfeatures; # מיון תכונות על ידי התגים העיקריים שלהם% sorted_features שלי; עבור f $ f (@Features) {שלי $ tag = $ f-> price_tag; לחץ על @ {$ sorted_features {$ tag}}, $ f; } שלי $ wholeseq = ביו :: Seqfeature :: Generic-> חדש (-Start => 1, -Send => $ SEQ-> אורך); שלי $ panel = bio :: גרפיקה :: פאנל-> חדש (-Length => $ SEQ-> אורך, -Key_style => 'בין', -Width => 800, -pad_left => 10, -pad_right => 10 ,); $ panel-> add_track ($ wholeseq, -Glyph => 'חץ', -Bump => 0, -double => 1, -tick => 2); $ panel-> add_track ($ wholeseq, -גלף => 'גנרי', -BGColor => 'כחול', -Label => 1); # מקרה כללי שלי @colors = QW (ציאן כתום כחול סגול גרין Chartreuse מגנטה צהוב אקווה); IDX $ = 0; עבור $ $ tag (מיין מפתחות% mideed_features) {שלי $ תכונות = $ sorted_features {$ tag}; $ panel-> add_track ($ תכונות, -Glyph => 'גנרי', -BGColor => $ צבעים , -fgcolor => 'שחור', -Font2Color => 'אדום', >> = > "$ {tag} s", -Bump => +1, -Hight => 8, -Label => 1, -משלוח => 1,); } הדפס $ $ -> PNG; צא 0; דרישות: · פרל

ביו :: גרפיקה תוכנה קשורה