אלגוריתם :: needlemanwunsch. אלגוריתם :: needlemanwunsch הוא יישור רצף עם ניקוד להגדרה.
הורד עכשיו

אלגוריתם :: needlemanwunsch. דירוג וסיכום

אלגוריתם :: needlemanwunsch. תגים

פרל מודול יישור סדר פעולות רצף יישור הניקוד להגדרה

אלגוריתם :: needlemanwunsch. תיאור

אלגוריתם :: needlemanwunsch הוא יישור רצף עם ניקוד להגדרה. אלגוריתם :: needlemanwunsch היא רצף יישור עם תצורה Scoring.Synopsis להשתמש באלגוריתם :: needlemanwunsch; Sub Trading_Sub {אם (! @ @) {return -2; # GAP עונש} לחזור ($ _ EQ $ _ )? 1: -1; } שלי $ matcher = אלגוריתם :: needclemanwunsch-> חדש (book_sub); $ $ ציון = $ matcher-> align (@a, @b, {align => on_aleign, Shift_a => On_Shift_A, SHIFT_ALIGN => ON_SELECT_ALIGE}); רצף יישור הוא דרך למצוא מיוחד בשני ( או יותר) רצפים דומים או מחרוזות של כמה פריטים או תווים. דוגמה מוטעית סטנדרטית היא השוואה של רצפי דנ"א ואת קווי הדמיון וההבדלים הפונקציונליים והאבולוציוניים שלהם, אך לבעיה יש הרבה יותר רחב יותר - לדוגמה, מציאת ההערכה הנפוצה הארוכה ביותר (כלומר, diff) הוא מקרה מיוחד של יישור רצף. קונצרט, רצף יישור עובד על ידי הבקיע את כל יישור אפשרי ובחירת יישור עם ציון מקסימלי. לדוגמה, רצפים T C T ו- T G A עשוי להיות מיושר רצף A: A T C - T | | רצף ב ': - | רצף B: T G A - - (אקספוננציאלי רבים דרכים אחרות, כמובן). שים לב כי needleman-Wunch שוקל יישור גלובל, לאורך כל אורך של שני רצפים; כל פריט מיושר עם פריט של רצף אחר, או מתאים לפער (אשר תמיד מיושר עם פריט - יישור שני פערים לא יעזור שום דבר). גישה זו מתאימה במיוחד להשוואת רצפים של אורך דומה, דומה במקצת לאורך כל אורכי - כלומר, ללא משטחות ארוכות שאין לה שום קשר זה לזה. אם רצפים שלך לא לספק את הדרישות האלה, לשקול להשתמש יישור מקומי, אשר, בהחלט מדבר, לא צריך- wunch, אבל הוא דומה מספיק כדי להיות מיושם במודול זה גם - ראה להלן לפרטים.בדרך לעיל, היישור השני יש יותר פערים מאשר הראשון, אבל אולי שלך הם חשובים מבחינה מבנית ואתה אוהב אותם בשורה כל כך הרבה כי אתה עדיין מעדיף את היישור השני. לעומת זאת, אם C הוא "כמעט זהה" כמו G, זה יכול להיות היישור הראשון התואם טוב יותר. Neecleman-Wunsch פורטלים שיקולים כאלה לתוך מטריצה דמיון, הקצאת payoffs לכל אחד (הורה, אבל המטריצה היא בדרך כלל סימטרי, כך הסדר לא משנה) זוג פריטים אפשרי רצף, בתוספת עונש פער, לכמת את רצון הפער ברצף. העדפה של זוגות מעל פערים באה לידי ביטוי על ידי נמוך (יחסית לערכי מטריקס הדמיון, בדרך כלל שלילית) ציון העונש. ציון היישור מוגדר אז כסכום, על העמדות שבו לפחות רצף אחד יש פריט, של הדמיון מטריקס ערכים באינדקס על ידי הפריט הראשון והשני (כאשר הן מוגדרות) ועונשים פער (עבור פריטים מיושרים עם פער). לדוגמה, אם זה הוא מטריקס הדמיון ו- G מציין את עונש הפער, רצף יישור A: AATTCC Sequence B: A - - T ChAS ציון S + 3 * G + S + S . כאשר עונש הפער הוא 0 ואת הדמיון מטריקס זהות, כלומר הקצאת 1 לכל התאמה ו 0 לכל אי התאמה, Negleman-Wunsch מקטין את האלגוריתם המשותף ביותר למקסם את הציון יישום סטנדרטי של תכנות דינמי, מחשוב את ציון היישור האופטימלי של רצפים ריקים ו 1 פריט לבנות אותו עד כל רצפי הקלט נלקחים בחשבון. לאחר הציון האופטימלי ידוע, אלגוריתם עוקב בחזרה כדי למצוא את עמדות הפער. שים לב כי בעוד הציון המקסימלי הוא ללא ספק ייחודי, היישור שיש לו בכלל לא; ממשק זה של מודול מאפשר ליישום הקורא לבחור בין יישור אופטימלי שונים.המחשבה: · דרישות PERL: · פרל

אלגוריתם :: needlemanwunsch. תוכנה קשורה